為落實整體水污染事件應變及管理制度，於水污染發生或有發生之虞時，得透過各種預防及通訊工具，將污染災害現場狀況迅速控制，並協調相關機關及污染者，採取緊急應變措施，以減少地面水體之污染，特訂定「水污染事件緊急應變及聯防體系作業要點」，有效結合鄰近縣市應變能量，支援處理重大水污染事件，並納入民間專業機構資源，加強訓練各縣市政府人員對於河川污染事件的應變能力，加強河川污染事件應變及器材之訓練，以使污染能於第一時間有效控制及清除。
北、中及南區水污染事件緊急應變聯防體系範圍：
- 北區聯防體系：包含基隆市、新北市、臺北市、桃園市、新竹縣及新竹市共六縣市。
- 中區聯防體系：包含雲林縣、苗栗縣、南投縣、彰化縣及臺中市共五縣市。
- 南區聯防體系：包含嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市及屏東縣共五縣市。
【應變案例1】臺北市北投區八仙圳油污事件
- 發生地點：北投區致遠三路50巷八仙圳水面
- 發生日期：104年1月12日中午
- 發生原因：保安警察第一總隊鍋爐故障造成燃油洩漏流入圳溝
- 處理情形：臺北市環保局以2條吸油索攔住油污防止擴散污染，並依水污染防治法當場開單處罰。
【應變案例2】基隆河死魚事件
- 發生地點：基隆河社子大橋至大直橋間
- 發生日期：104年7月20日上午
- 發生原因：死亡魚群主要為單一魚種-烏仔魚（對水中溶氧要求較高），經檢視死亡魚體無魚鰭向前及滲血狀況，而且體型屬中型成魚，口部張開，故依據水質狀況、死魚種類、體型及外觀，初步判定應為連日高溫，河水溶氧降低所致。
- 處理情形：臺北市環保局於20日接獲民眾報案，立即派員至現場稽查及檢測水質，並由清潔隊派員於現場沿河岸撿拾岸際魚體，該府水利工程處派撈污船撈除河中死魚，經20日及21日共派出50人次人力，動員機具5艘船、載運車輛2輛，撈除死亡魚體共約9公噸，均全數送往焚化廠處理。後續持續派員沿河岸巡察，如發現有死魚則即刻清除。
【應變案例3】復興航空墜落基隆河事件
- 發生地點：基隆河成美橋段
- 發生日期：104年2月4日上午
- 發生原因：復興航空班機墜落基隆河，恐有機油外漏
- 處理情形：臺北市政府於基隆河成美橋段布設第1道攔油索，避免及攔除可能之飛機油料擴散，本部亦請新北市政府環保局支援大型填充式攔油索予臺北市政府水利工程處，並於基隆河大佳河段彩虹橋完成設置第2道攔油索。本部亦派員於空難事件墬機地點上、下游，南陽大橋、南湖大橋、民權大橋及成美橋等4個地點，每隔2小時採樣水質，進行水質密集監測分析，檢測項目為油脂等項目。了解該事件對於淡水河水質影響。
【應變案例4】高雄市中林路塌陷路段中油舊管線漏油事件
- 發生地點：高雄市小港區沿海四路50號
- 發生日期：104年10月16日上午
- 發生原因：中林路潛盾工程事故復原區域，屬中鋼測知中油管線因中油公司施作斷管作業，在行頂水過程出現原油外洩情事。
- 處理情形：事發後，中油公司已緊急派員處理並暫停相關動火作業及管制人員出入，環保局人員立即前往現場確認處理。據中油公司吳廠長表示，洩漏量約300噸油水，中油已調派5輛油罐車至現場進行抽油作業，污染面積約20*30平方公尺，洩漏油量約2至3噸。
【應變案例5】新北市汐止中油漏油事件
- 發生地點：新北市汐止區中興路183巷高速公路旁
- 發生日期：104年11月2日上午
- 發生原因：中油輸油管線破裂，約8-10公秉鍋爐燃料油從路面裂縫冒出，造成路面500公尺污漬，延伸至路邊溝1.5公里流至草濫溪口（基隆河支流）。
- 處理情形：新北市環保局出動40人及中油80人進行油污圍堵及清理應變，於草濫抽水站出水口布設攔油索圍堵，中油並派油罐車抽油，針對重油洩漏處，執行清理作業，清理污染土方約35公噸，路面油污處採鋪設木屑清除，並以清潔劑清洗路面，另側溝則布沙包防堵油污。為預防下雨造成油污擴散，新北市環保局已優先針對草濫溪抽水站前進行清理，並已通知臺北市環保局，於二市交界南湖大橋布攔油索備用。