水環境與生物
濁水溪是國內長度最長的河川，流域面積廣闊且各河段的棲地環境差異較大，也因此孕育了許多珍稀魚種及多樣的水域生物群聚，而各區域的水環境與棲息在其中的生物種類息息相關。在這些生物之中，假鋸齒米蝦是濁水溪及西部、北部許多溪流水域的普遍淡水蝦，牠因無法棲息在遭受嚴重汙染或是低溶氧的水域，因此假鋸齒米蝦在濁水溪的多數河段棲地都可作為反映棲地水質條件與水域底質的一種指標生物，牠的存在可在一定程度上，反映水域環境及水質條件。
指標物種介紹 - 假鋸齒米蝦
假鋸齒米蝦 (黃世彬攝)
假鋸齒米蝦(Caridina pseudodenticulata)又名擬多齒米蝦，在濁水溪出現在上、中、下游各河段的淺水緩流處，牠雖然體型迷你，只有2公分左右，但是由於僅棲息在水質較佳且高溶氧的水域之中，且分布相當普遍，因此牠的存在與否可做為水質健康狀態的一項評估標準，是很理想的濁水溪在地指標生物。
明星物種介紹 - 埔里中華爬岩鰍
埔里中華爬岩鰍 (黃世彬攝)
外型扁圓可愛的臺灣特有魚類—埔里中華爬岩鰍(Sinogastromyzon puliensis)別名為簸箕魚或石貼仔，牠扁平的身體可貼附在溪流的石頭上，牠不僅是III級保育類野生動物，也是濁水溪河域生態中的大明星，其中濁水溪中游河段是這類魚種的重要家園。
明星物種介紹 - 陳氏鰍鮀
陳氏鰍鮀 (黃世彬攝)
口部有八根鬚的臺灣特有魚類—陳氏鰍鮀(Gobiobotia cheni)是濁水溪流域的大明星，牠是臺灣特有物種，非常珍貴。在外型上，牠不僅長相吸睛，行為也很特殊。陳氏鰍鮀主要棲息在河川中下游的沙質河段，平時以口鬚搜尋食物，遇到危險時會鑽入沙中避敵。陳氏鰍鮀可說是濁水溪最具代表性的水域動物之一，但近年來由於族群數量減少，已被列為II級保育類野生動物。
明星物種介紹 - 半紋小䰾
條紋小䰾 (黃世彬攝)
條紋小䰾(Puntius semifasciolatus)是外型最亮眼的臺灣原生淡水魚類之一，雄魚體色上綠下紅，色彩艷麗。在濁水溪下游的緩水域曾經有本種的紀錄，但是目前已經很少見了。
認識常見生物
濁水溪常見生物分布地圖
A 區域 (上游河段) 常見生物
位於 A 區域測站：南雲大橋、桶頭攔河堰、瑞草橋
依據溪流的棲地與水文環境特性來進行區域分段，濁水溪可分為A區域、B區域、C區域、D區域等4個區域。濁水溪的A區域涵蓋溪流的上游河段，所涵蓋的範圍較大，涵蓋濁水溪主流上游及各大支流的大多數河段，典型的河段包括濁水溪的支流清水溪等，該河段為純淡水域，溪幅窄小，水流速一般較快，卵礫石及大面積岩盤是該區域的溪床最常見的底質；各種偏好高溶氧的溪流生物，例如臺灣間爬岩鰍、臺灣白甲魚、臺灣鬚鱲、粗糙沼蝦、假鋸齒米蝦、拉氏明溪蟹等偏好高溶氧的溪流生物是濁水溪A區域河段的優勢物種
B 區域 (中游河段) 常見生物
位於 B 區域測站：玉峰大橋、集鹿大橋、名竹大橋
濁水溪的B區域範圍涵蓋溪流的部分中游河段，該河段為純淡水域，該區域的溪床的底質以卵礫石為主，濁水溪的溪床，至此溪幅明顯變寬。臺灣西部多種溪流中游優勢魚種，例如粗首馬口鱲、纓口臺鰍、明潭吻鰕虎都是濁水溪B區域河段的優勢物種。
C 區域 (下游河段) 常見生物
位於 C 區域測站：西螺大橋
濁水溪的C區域範圍涵蓋溪流的下游河段，該河段為純淡水域，溪幅寬闊，在該處河段，溪床基本上皆為泥沙底質。臺灣西部多種溪流下游優勢魚種，例如鯽魚、大鱗副泥鰍、極樂吻鰕虎等在這個河段都能見到。
D 區域 (河口感潮帶河段) 常見生物
濁水溪的D區域範圍侷限在溪流的河口至感潮帶上緣河段，或是受到漲退潮影響的淡水域河段，該河段主要為半淡鹹水域，此處濁水溪的溪幅極為寬闊，因鄰近西海岸，因此可見到不少棲息於半淡鹹水域及海岸的經濟性魚類，如銀紋笛鯛、大鱗鮻、黑棘鯛等，而河口的底質則可見到穴居的鬚鰻鰕虎，此外，鄰近海岸的河口地區的灘地也吸引了許多種水鳥至此棲息與覓食。
近十年媒體薈萃
2025/03/03
濁水溪出海口曾受嚴重揚塵之苦，經多年治理後轉型為「生態園區」。水利署透過植生防治與棲地營造，成功吸引多達256種野鳥棲息，包含瀕危的東方白鸛。
轉載：
聯合新聞網
2023/05/18
彰化水尾國小師生發揮創意，成立「水噹噹無人機隊」走讀濁水溪，並舉辦「遇見溪望~濁水溪生態展」。
轉載：
台灣好新聞
2022/06/21
濁水溪出海口曾因缺乏植被而揚塵嚴重，經第四河川局與雲林縣府合作，以水覆蓋與綠覆蓋工法改善，揚塵日已大幅降至個位數，成功讓沙洲變綠地。
轉載：
公視新聞網
2022/03/03
南投縣竹山鎮水資源回收中心第一期工程每日可處理3公噸生活污水，完工後將有效改善當地水污染，並減輕民眾設置污水設備負擔。
轉載：
中國廣播公司
2021/11/23
雲林縣環保局利用廢棄文蛤殼、稻草蓆等友善工法整治濁水溪揚塵，成功使揚塵事件日從59天降至9天。
轉載：
雲林縣政府
2017/05/16
雲林縣環保局針對八角亭大排受污染成「黑河」展開專案稽查，動用空拍機等科技工具查緝畜牧場非法偷排。
轉載：
雲林縣政府