基於全球化發展及科技快速進步，事業為因應國內外生產之需求，而產生之廢水種類日趨多元複雜，為有效管理事業或污水下水道系統所排放之廢（污）水及強化環境生態體系之維護，環境部配合資源循環經濟之政策推動與水污法及其相關子法之修正，積極加強水措管理及加嚴特定業別之放流水標準，以提升水資源之維護管理及創造宜居之生活環境。
一、強化水措管理
為提升畜牧糞尿資源化之成效，促進畜牧資源循環經濟，及因應實務管理需求，杜絕執行之爭議，「水污染防治法事業分類及定義」於106年12月27日修正公告，新增畜牧糞尿或生質能資源化處理中心（或沼氣再利用中心）及再生水經營業二種事業別；「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」訂有畜牧業應採行資源化處理措施、特定業別廢（污）水分流處理管理，並基於公共污水下水道系統廢（污）水排放量大，及實務有未妥善處理或未依許可核准事項排放污水之違規情事發生，規定其應裝設自動監測（視）設施，並與地方主管機關連線傳輸，以即時掌握水質及水量狀況，即時預防及管制。
配合實務管理需求，「水污染防治法事業分類及定義」於108年5月1日修正發布，基於海水淡化廠現行以自來水廠管制，然其處理過程產生之廢水含鹵水、過濾反洗廢水和薄膜清洗水等，又引用海水處理及排放之特性，兩者適用要件不同，管制項目應獨立區分；又因製造蒸汽之事業，採用濕式處理廢氣者，產生之廢水含有戴奧辛、懸浮固體及有機物等污染物；另為鼓勵畜牧廢水資源化，現行農業主管機關已同意畜牧場與水蚤養殖業農業事業廢棄物再利用試驗計畫，其養殖後之廢水排放含高濃度有機物質，影響水體品質；又近來屢發生未達水污法事業管制規模之業者，造成水體污染情事，如將未經處理含總磷之廢（污）水直接排入河川水體，致使水庫水質總磷優養化；貯槽污染物洩漏，造成土壤或地下水污染情事，而無法依水污法第33條規定要求設置防止污染地下水體之設施及監測設備，考量上述對象尚非水污染防治法之事業，其廢水排放之特性有影響水體品質之虞，為強化風險控管，故新增「海水淡化廠」、「蒸汽供應業」、「從事收集畜牧糞尿或厭氧發酵後沼液沼渣，作為藻類、輪蟲、水蚤等水產種苗餌料或其他水產生物養殖之事業」、「水庫總磷削減總量管制區之事業」及「設置貯存設施，貯存水污染防治法第33條第1項經中央主管機關公告指定物質之事業」等5類業別，本次修正後，水污法事業管制共計達64種業別。
為提升管理效能，配合109年7月1日、110年4月16日兩次修正「水污染防治法事業分類及定義」公告，主要係強化貯油場管理，整合地上、地下貯槽及貯存容器之管理，並配合於109年12月29日修正訂定「防止貯存系統污染地下水體設施及監測設備設置管理辦法」、「水污染防治法第三十三條第一項公告指定之物質」公告，及於110年5月31日修正發布「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」、「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」及「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」，將貯油場之定義及設置防溢堤等管理規定統一納入貯存設施管理，為免重覆管制。業者應確實完備防止污染水體設施與定期監測，並備足預防疏漏之器材；如有洩漏，應妥善收集及處理，如有水體污染之重大情事，將依違反水污染防治法相關規定處分。
另近年積極推動畜牧業循環經濟措施，及簡化小型養豬場肥分使用申請管理程序、減輕行政負擔，「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」於108年3月8日修正發布，將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模採行分級管理；並增訂檢測申報項目，且依事業特性及檢測費用合理性，採檢測分級管理。
藉由上述修正發布之水污法相關子法法規，促使事業運作人正常操作廢（污）水處理設施，降低水資源污染之可能性，並維護水體品質。
二、加嚴/新增管制放流水
為降低氨氮、重金屬進入環境水體，提升河川水體水質重金屬達成率，保護灌溉作物和農地不受重金屬污染，針對既設對象，自110年1月1日起新增放流水管制項目或加嚴特定對象真色色度、重金屬、氨氮、有害物質等管制項目，以強化風險控管維護水體品質。
106年12月27日修正發布「水污染防治法事業分類及定義」，新增「再生水經營業」、「畜牧糞尿資源化處理中心（或沼氣再利用中心）」納入管制對象。並於106年12月25日修正發布及廢止總計7項放流水標準，將光電材料及元件製造業等特定業別管制標準整併於放流水標準中，並基於提升水體品質、降低農地污染風險，修正氨氮、重金屬、致癌性物質及真色色度等管制項目、限值。
因應再生水資源發展條例已於104年12月30日訂定公布，及配合畜牧糞尿資源再利用政策，將「再生水經營業」、「畜牧糞尿資源化處理中心（或沼氣再利用中心）」納入管制，同步增訂生化需氧量、化學需氧量、懸浮固體、大腸桿菌管制項目，若位於自來水水質水量保護區內，再增訂總氮、總磷管制項目。
在放流水標準管制面向，因科技業、石化業使用之部分原物料為致癌性物質，排放之作業廢水恐危害人體健康，故增訂丙烯腈、N-甲基吡咯烷酮等9項物質，強化污染排放風險之控管。
為進一步減少水體氨氮排放總量，針對金屬表面處理業或電鍍業、製革業之生皮製成成品皮者、廢棄物掩埋場和發電廠等5種事業及石油化學專業區以外之工業區污水下水道系統訂定氨氮管制項目；公共污水下水道系統部分，增訂氨氮和總氮管制規定。另針對廢（污）水排入水源水質水量保護區內之觀光旅館訂定總氮和總磷管制項目，進一步提升保護區之水體水質。
高色度廢水排入承受水體常導致水體變色影響民眾觀感，針對製革業等23種事業及工業區下水道系統加嚴真色色度限值，並新增自由有效餘氯管制項目，避免業者因添加過多漂白劑導致水體生物受到危害。
考量放流水經處理後雖已符合管制標準，但排入之承受水體若屬基流量較小之灌排使用渠道或其他水路，因重金屬具累積性，恐導致灌溉作物和農地受到重金屬污染。故針對製程運作重金屬且排放水量達一定規模之晶圓製造及半導體製造業、光電材料及元件製造業、化工業、金屬基本工業、金屬表面處理業、電鍍業、印刷電路板製造業等7種事業、科學工業園區、石油化學專業區和其他工業區專用污水下水道系統，加嚴鎘、鉛、總鉻、六價鉻、銅、鋅、鎳、硒和砷等9項重金屬之管制限值，並新增錫管制項目，依排放水量規模區分管制限值；另基於部分石油化學專業區以外之工業區仍有光電材料及元件製造業廠商進駐，新增銦、鎵和鉬管制，並對於有使用鉬作為原料之晶圓製造及半導體製造業、化工業、金屬基本工業、金屬表面處理業、電鍍業和印刷電路板製造業、農藥製造業、其他工業、科學工業園區、石油化學專業區和其他工業區專用污水下水道系統，增訂鉬之管制限值；此外，參酌美國聯邦環保署針對燃煤蒸汽發電廠加嚴管制規定及水俣病公約管理計畫，對於燃煤發電廠發電機組且產生排煙脫硫廢水進入廢水處理設施者，加嚴汞、砷和硒管制限值。
為精簡放流水標準及特定業別放流水標準，將前述各項標準整合於「放流水標準」中，以附表方式臚列特定業別管制項目、限值，並同步刪除「光電材料及元件製造業放流水標準」等6項特定業別之管制標準。
另因應前述新增「水污染防治法事業分類及定義」業別，均有必要增訂其合宜之放流水管制項目與限值，爰於108年4月29日修正發布「放流水標準」第2條、第2條之1，主要為新增海水淡化廠及蒸汽供應業管制項目與限值、明確高鹽度放流水總餘氯管制項目檢測方式，以氯生成氧化物進行管制，及修正廢棄物焚化設施事業之適用條件，以強化戴奧辛排放控管。啟動歷程如圖。