臺灣地區水庫(分布如圖1)之上游集水區常因農業或其他人為活動產生污染，並經由直接排放或雨水進入水庫，所產生之沉積物、營養鹽等皆會影響水庫水質。而我國水庫蓄水之用途不盡相同，其中供應民生用水的水庫，均已完成設置固定水質監測站，並自106年起每月進行一次水質採樣監測，以得知水庫水質的良窳優劣，做為後續擬定水質治理策略之參考。另外亦提供民眾可上 全國環境水質監測資訊網了解相關資訊。

目前本部用於評估水庫水質優養程度的指標為「卡爾森指數，Carlson trophic state index」，簡稱CTSI。CTSI係以水中的透明度（SD）、葉綠素a（Chl-a）及總磷（TP）等三項水質參數之濃度值進行計算，再以其計算所得之指標值，判定水庫水質之優養程度。統計臺灣本島水庫近二十年來水庫水質，107年度平均水質達優養等級為明德、白河、鏡面、澄清湖及鳳山水庫等5座水庫，歷年優養化水庫座數如圖2。

水庫污染來源主要分為點源污染及非點源污染，圖3以石門水庫為例，其來源包括：

• 點源污染：生活污水、遊憩污水、養殖廢水、農業廢水
• 非點源污染：崩塌地、逕流沖刷、農業廢水（施肥逕流沖刷）

國內水庫的檢測水質資料顯示：水庫因人為活動及農業施肥，水質有優養化加重之趨勢，內部氮磷污染來源則為水庫集水區等外部而來，因此以下為水庫水質優養化改善方法：

• 透明度提升策略
  • 崩塌地治理：加速崩塌地治理作業，修復毀損之護岸工程。
  • 設置保護帶：規劃各主支流水體緩衝帶，範圍內農地予以收購，或以地易地。
  • 土地利用：限制並檢討集水區內之土地利用，避免超限利用發生。
  • 加強稽核管制：勤查重罰加強取締非法使用之土地，以收管制效果並設置河川巡守隊，定期巡察。
• 營養鹽削減策略
  • 施肥管理：依作物施肥手冊推廣合理化施肥及健全產銷履歷制度，禁止使用生雞糞等未經腐熟的肥料。
  • 規劃設置結構性BMPs。
  • 生活污水處理
    • 都市計畫區內達管制規模依規範設置污水處理廠及普及下水道接管率; 非都市計畫土地規劃設置除磷型合併式淨化槽、自然淨化設施。
    • 對於集水區及鄰庫區內達管制規模之餐廳及遊憩區，進行放流水稽查管制。
• 減少使用：推廣使用無磷清潔劑。
• 輔導觀光發展計畫應朝向低碳及低衝擊旅遊。

我國水庫集水區內之污染以非點源佔多數，對於水庫集水區內所產生的非點源污染，主管機關採用之結構性削減措施包括人工濕地、植物緩衝帶、人工浮島及植生滯留槽等。並於水庫集水區內舉辦合理化施肥及安全用藥講習，以傳達水質環境保育的重要性。