工業區內工廠種類多元複雜且集中，排放水量大、水質不容易掌握，在水污染管制上非常重要。依據下水道法第8條規定：「政府機關或公營事業機構，新開發社區、工業區之專用下水道，由各該機關或機構建設、管理之」。

各目的事業主管機關依下水道法規定且設有聯合污水處理廠的工業區，放流水水質要達到本部設定之放流水標準外，亦要求工業區提出排放許可證，並審查廢水處理單元操作參數有沒有異常，避免沒有發揮處理廠的功能。工業區下水道目前計有78處，其中47處屬於經濟部管理、11處屬於科技部管理、11處屬於地方政府管理、8處屬於民間單位管理、1處屬於農業部管理。

本部為維護水體水質，依據工業區特性，分別訂有石油化學專業區、石油化學專業區以外之工業區與科學工業園區的放流水標準，工業區污水處理廠的放流水，要符合放流水標準後，才可以排放到地面水體，假如未符合放流水標準，且經環保單位判斷是故意排放的話，現在最高可處分到新臺幣2,000萬元喔，這樣的管制設計，就是希望利用高額度的罰款，促使工業區污水處理廠平常就依正常程序進行操作，不要私底下排放未經處理或排放未達放流水標準的廢水來傷害環境。

我國工業區廢水處理流程如圖1，目前被管制的工業區均設有聯合污水處理廠，負責收集位於工業區內之納管工廠所產生的廢水並予以統一處理。首先，工業區服務中心會先檢視區內各工廠的廢水特性，然後訂不同納入污水處理廠之水質標準，如果發現工廠可能會有重金屬，那就會訂重金屬的管制，不然到了污水處理廠，才發現污水處理廠沒辦法處理，那時候可能就沒辦法挽救了。工廠要先自行第一次處理至前述水質標準後，再送至污水處理廠進行再處理，這種方式主要就是希望排放水質可以達到本部所定的放流水標準，減少對下游水體的污染。

當然，除了工業區服務中心要善盡管理工業區的工作外，本部水污染防治法也訂有管制工業區的法規，同時每年也訂有工業區水污染防治管理計畫，指導地方環保局辦理，共同確保工業區聯合污水處理廠的排放水質。說明如下：

• 加強服務中心扮演角色：水污染防治措施及檢測申報管理辦法定有「工業區集污管理章」，就是指定工業區服務中心應辦理的事項，如定期巡查檢修工業區內排放廢（污）水之溝渠或管線，查核區內事業用水量與廢（污）水是否合理平衡，定期採樣檢測區內事業納管水質，每月分析檢討水量與水質變化，評估聯合污水處理廠收集及處理能力等。
• 落實污染總量削減管理：為避免工業區放流水所排放之重金屬物質排放總量逐年上升，致影響承受水體水質，本部於水污染防治措施及檢測申報管理辦法規定，如排放重金屬總量有連續5年逐年增加情形，要提報污染總量削減管理計畫，加強工業區聯合污水處理廠之管理工作。
• 水污染防治管理計畫執行成果：本部每年訂定之工業區水污染防治管理計畫，107年度完成稽查區內事業3,632廠次，處分231廠次、工業區聯合污水處理廠稽查1,823廠次，處分32廠次；108年度完成稽查區內事業3,785廠次，處分160廠次、工業區聯合污水處理廠稽查1,953廠次，處分29廠次；109年度完成稽查區內事業3,953廠次，處分162廠次、工業區聯合污水處理廠稽查2,083廠次，處分43廠次; 110年度完成稽查區內事業3,243廠次，處分146廠次、工業區聯合污水處理廠稽查2,106廠次，處分36廠次。