水污染防治法（架構圖）以下之子法、行政規則、命令相當多，但究竟哪些對象會受到管制呢？就必需參閱「水污染防治法事業分類及定義」了，裡面規範了64種業別，只要製程特性符合該業別之定義，或者排放之水量達管制之門檻，則屬於水污染防治法管制的對象了。
一旦符合水污染防治法管制的對象，事業單位第一步驟就是要依規定申請所謂的「水污染防治措施計畫」及「排放許可證」，而哪些事業需要先提水污染防治措施計畫後再提出排放許可證呢？就必須看看事業運作的型態是否符合「應先檢具水污染防治措施計畫之事業種類、範圍及規模」所公告之項目，若符合的話，必須先提送「水污染防治措施計畫」，將廢水處理設施的設計處理流程、槽體尺寸、處理單元種類等，先向環保機關申請，取得同意後才可以興建廢水處理設施，完工之後才可以申請「排放許可證」。
在沒有取得「排放許可證」之前，是不能排放廢（污）水的，就好比開車在沒取得駕照之前，是不能開車的。環保機關在接受事業單位的申請案後，也會詳實的審查處理流程是否妥適、功能是否足夠、污染物是否可有效降解等，為守護環境做第一道的把關。實務上，審查之流程非常複雜，分別依據設立階段（即設計階段）、營運前階段（即施工階段）及營運後階段（即實際運轉階段）等，分別定有不同之規定，程序如圖2。
事業單位在取得「排放許可證」之後，也應依「排放許可證」所登記的操作流程、操作參數運作，並需定期檢測申報排放之水質，操作維護紀錄也要保存，讓環保機關可以追蹤事業單位是否有妥善運作廢水處理設施。藉由事業單位的自主管理，為守護環境作第二道的把關。最後，事業單位所產生之廢（污）水在排放之前，要符合「放流水標準」，生化需氧量(BOD)、化學需氧量(COD)等綜合性指標，以及重金屬、酸鹼值、揮發性有機物、半揮發性有機物等諸多項目均符合排放限值後，才可以排放，為守護環境作第三道的把關。而為避免有不肖事業將高濃度的廢水排放於環境，影響水體或農地，在水污染防治法第34條至第39條中，有別於刑法的規定，另外訂定了所謂行政刑罰的特別法，其刑度與罰金均較刑法為高，以懲戒非法業者，最重可處7年以上有期徒刑，得併科3000萬元以上罰金。
事業單位在前述三個階段若有違反規定，均會受到處分，最重可處2000萬元罰鍰，且若限期改善屆滿而未完成改善的話，將受到按次處分，直至改善完成為止。自水污染防治法107年6月13日修正公布後，環境部持續積極修正相關的子法，近年來修正之子法與相關重點簡要如下：
「水污染防治法」條文（107年6月13日修正）
為精進水污染防治，水污染防治法增訂第57條-1；並修正第11條、第32條、第36條、第44條、第53條條文，於107年6月13日奉總統令修正公布施行。本次修正重點主要為「合理調整水污染防治費徵收對象」、「強化廢(污)水不得注入地下水體之管理及懲處」及「增訂限改期間水質惡化處分依據」。
「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」（110年5月31日、113年1月11日修正）
調整許可管制作為，包括：許可分級管理；屢次重大違規，3年內不再核發許可；經技師簽證查核事項核發機關免再審查；簡化變更、功能測試及退補正之條件；一次性審查原則；簡化未違規者申請文件；完備試驗計畫停止試驗程序等，提升許可審查效率及品質，鼓勵守法及預防蓄意違規等規定。本次修正係以鼓勵合法業者，簡化許可申請；杜絕非法投機，強化審查管理之精神，促使非法業者主動守法，集中行政資源全力打擊重點非法事業，故調整必要管制作為。110年修正重點，因應「水污染防治法事業分類及定義」公告之修正，整合地上、地下貯槽及貯存容器為貯存系統業別，同時將貯油場業別納入貯存系統管理，修正本辦法第3條將「貯油場」修正為「貯存系統」。
113年修正重點，明定核發機關受理水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延之審查原則，使事業或污水下水道系統申請、變更或展延水污染防治措施計畫或許可證（文件）時有所依循及可期待性。另配合環保許可整合推動，省減相關行政及管理作業，新增事業或污水下水道系統提出水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延，如涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延，須同時提出，加強各類環保許可證（文件）污染流向關聯及登記內容一致性。
「應先檢具水污染防治措施計畫之事業種類、範圍及規模」（107年6月21日修正）
本次修正配合水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法區分特定、一般及簡要三級對象管理之修正，免除其簡要對象為應先檢具水污染防治措施計畫（以下簡稱水措計畫）之對象；合理調整一般對象水量規模之門檻，並增列重大違規及污染風險較高者為應先檢具水措計畫之對象，落實合宜實務管理。
「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」（108年1月16日、110年5月31日、113年11月7日修正）
108年修正重點包括修正一行為違反本法數個規定、嚴重違規態樣、規模、影響、非法稀釋行為、加重與減輕等之處分點數認定方式。因應本法於107年6月13日修正公布，已刪除污水取得許可得注入地下水體，並調整水污染防治費徵收對象之規定，另為解決主管機關實務依水污染防治法執行裁處時有認定上的疑慮，以及配合近年大幅修正相關子法，故重新檢討修正。修正內容將明確規範違規態樣及審酌點數；此外，疏漏油品至水體之違規情事頻傳，其規模認定未臻明確，情節嚴重態樣之裁處過輕；現行裁罰額度對嚴重違規之公共污水下水道系統及非屬本法列管者罰鍰過輕，難以嚇阻不法等問題，須強化及增列違規態樣及計算基準。藉由本次裁罰準則修正，一併重新檢討，以強化違反本法的處罰執行力，嚴懲違規者，達到維護河川和地面的水體水質。110年修正重點，依防止貯存系統污染地下水體設施及監測設備設置管理辦法（以下簡稱貯存系統管理辦法﹚之類別併予增列相關違規態樣及裁罰適用之審酌點數。
113年修正重點，為區別疏漏致污染水體，未採取緊急應變措施及採取緊急應變措施不足之情節輕重、明確加重或減輕事項之認定；及為維護水體，對未達本法公告事業管制規模，違反本法第30條水污染管制區禁止行為加重處罰。另因應113年1月16日「禁止足使水污染行為」公告，增列露營場產生污水未妥善收集處理之污染行為，修正本準則第2條附表1至附表5、附表8。
「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」（108年3月8日、110年5月31日、114年1月20日修正）
108年修正重點，為積極推動畜牧業循環經濟措施，將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模，採行分級管理，簡化小型養豬場肥分使用申請管理程序及檢（監）測作業；另增訂檢測申報項目，並依事業特性及檢測費用之合理性，將檢測、量測及監測項目及頻率分級管理。現行沼液沼渣農地肥分使用者執行土壤、地下水之監測費用高於繳交水污費之費額，申請程序較繳交水污染防治費程序繁瑣，影響多數小型養豬場採行沼液沼渣農地肥分使用之意願，且需同時採取二階段之申請，採行廢（污）水處理部分須申請廢（污）水管理計畫，由環保主管機關審查；採行沼液沼渣農地肥分使用，須申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，經農業主管機關審查。為減輕小型養豬場行政申請負荷，加速辦理沼液沼渣農地肥分使用，故將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模分級管理。110年修正重點，明確貯存系統（原貯油場）貯存依水污染防治法第33條第1項經中央主管機關公告指定物質者，應依貯存系統管理辦法辦理。
114年修正重點，引導廢水處理節能創能：扣合國際減碳與管制趨勢，推動廢水處理能源化，對達一定規模具能源化潛勢的行業，如造紙、食品、醱酵、石化及公共污水廠等5種業別，增訂於申請、變更或展延許可時，優先評估採行最佳可行控制技術（厭氧處理），以節能創能；新興關注項目檢測及自主削減管理：國際趨勢已對藥物和全氟及多氟烷基物質採行廢水檢測及削減管理，故對一定規模醫院及醫學中心、科學園區污水下水道系統及製程有使用全氟及多氟烷基物質之事業等，新增每年檢測申報，連續2次不符監測值時，應提出執行自主削減措施，以降低危害風險；檢測申報簡化鼓勵資源循環：為促進畜牧糞尿資源化，簡化申報行政作業。如畜牧糞尿個案再利用或作為農地肥分使用之全量施灌者，及畜牧業將畜牧糞尿水全量送交資源化處理中心或資源化處理率達75%以上者，可免檢測申報。
「放流水標準」（108年4月29日、113年12月18日修正）
本次修正主要係應實務管制需求，增訂「從事收集畜牧糞尿或厭氧發酵後沼液沼渣，作為藻類、輪蟲、水蚤等水產種苗餌料或其他水產生物養殖之事業」、「海水淡化廠」、「水庫總磷削減總量管制區之事業」及「蒸汽供應業」等4類事業，其適用之放流水管制項目及限值，促使業者正常操作廢（污）水處理設施，並提升水體品質。
113年修正重點，增修特定事業、污水下水道系統之氨氮、總磷、銅及自由有效餘氯等水質項目及限值，並訂定相當期間進行改善，促使廢水處理資源化。另明確貯煤場、營建工地及土石方堆（棄）置場之適用對象，以及建築物污水處理設施之適用範圍。
「廢（污）水處理專責單位或人員設置及管理辦法」（110年02月05日修正）
本次修正係基於新設事業實務設置之困難，未依規定設置廢（污）水處理專責人員將遭水污染防治法處分，實具修正急迫性質，並考量本辦法第12條第1項已規定，事業或污水下水道系統所設置之廢（污）水處理專責人員，於取得合格證書後連續3年以上未經核准設置為廢（污）水處理專責人員，應於規定期限內完成到職訓練，應可使核准設置之專責人員具執行職務之能力，爰刪除現行條文第13條規定，修正刪除新設事業第1次申請設置不得聘僱連續3年以上未經核准設置之廢（污）水處理專責人員規定，以達簡政便民目的，並利於事業人力運用。