環境部為加速整治河川流域改善水體水質，選定淡水河、南崁溪、老街溪、濁水溪、新虎尾溪、北港溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪、阿公店溪及愛河等11條重點河川污染整治工作（分布如圖1），以下為各重點河川整治成果：
召開淡水河系水環境優化願景聯繫會報委員會及工作小組會議，追蹤協調各項管制措施及工作進度，包括流域水質分析、污水下水道建設進度、截流站及現地處理設施操作現況。並持續追蹤淡水河流域37座截流站正常操作，108年每日平均截流水量約為50.7公噸。推動現地處理設施，每日持續處理21.4萬公噸以上之區域排水，補注河川之基流量。協調加速公共污水下水道用戶接管，由102年134萬5,491戶提升至108年的193萬5,770戶，提升生活污水處理。淡水河全河段之嚴重污染長度比率已從99年之7.5％降至110年之5.1%，水質改善成效顯著。
召開南崁溪整治聯繫會議，推動南崁溪上游水質淨化工程及大檜溪橋水質淨化工程改善河川水質，追蹤協調河川水質並推動各項管制措施，滾動檢討整治目標。稽查管制重金屬異常河段，追蹤桃園污水下水道系統推動進度及特定工業區(園區)污染總量削減計畫，加強河道施工管理及採行適當防護措施等工作。南崁溪河川溶氧(DO)≧2 mg/L達成率於於110年為87.9％，水質穩定。
召開老街溪整治聯繫會議，推動老街溪中上游水質淨化工程，其中四方林排水水質淨化工程已進入成效評估階段，並追蹤協調河川水質並推動各項管制措施，滾動檢討整治目標。稽查管制重金屬異常河段，並追蹤桃園及中壢BOT污水下水道系統推動進度，河川溶氧(DO)≧2 mg/L達成率由104年88%提升至至110年的92.9％，水質改善成效顯著。
召開1次污染整治工作協調會議，追蹤污水下水道建設進度、中下游水質改善措施辦理進度、南投縣砂石場管制工作、畜牧業稽查管制與輔導工作、畜牧業推動辦理「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」執行情形。濁水溪嚴重污染長度比率自96年至110年均為0％，水質穩定。
召開1次污染整治督導及協調會，追蹤稽查管制及水質淨化設施等執行進度。本年度持續運轉操作新虎尾溪中游人工濕地、新虎尾溪截流站及崙背排水水質淨化工程，並推動畜牧廢水沼渣沼液作為農地肥分使用計畫。新虎尾溪嚴重污染長度比率於110年為26％。
召開2次污染整治督導及協調會，追蹤公共污水下水道建設、稽查管制及水質淨化設施等執行進度。本年度完成三疊溪西結里水質淨化場及早知溪水質淨化場，持續運轉操作北港溪既有水質淨化設施，並推動辦理斗六鄰近聚落污水截流、虎尾排水及埤子頭排水水質淨化等工程，另針對畜牧廢水污染推動沼渣沼液作為農地肥分使用計畫。嚴重污染長度比率已從100年之47.3％下降至104年的32.6%及110年的23.3％。
召開1次急水溪污染整治聯繫會議，針對污水下水道推動辦理進度、畜牧業推動辦理「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」執行情形等。急水溪大腳腿排水水質淨化工程已於105年5月10日申報完工，每日可處理約4,000公噸污水，並完成青葉橋上游畜牧業及中下游酪農區執行畜牧糞尿沼液沼渣回歸農地肥分使用推動規劃。急水溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從96年之30％降至110年之10.1%。
召開1次鹽水溪污染整治聯繫會議，追蹤嘉南大圳整治規劃構想、污水下水道推動辦理進度、畜牧業推動辦理「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」執行情形、鹽水溪總量管制資料比對結果等。推動辦理虎頭溪排水水質淨化場工程，已於105年11月1日開工，已於107年完工。鹽水溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從96年之34.6%降至110年之13.8%。
召開1次二仁溪污染整治小組及再生願景會議，藉由協調平臺，針對污水下水道建設、畜牧業輔導改善情形、非編定工業區推動廢水聯合處理可行性、評估大潭生活污水納入長榮大學污水處理廠可行性評估、臺南監獄生活污水處理工程招標進度，及現地處理水質淨化設施功能提升(截流擴充)進度等持續追蹤。二仁溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從96年之35.2％降至110年之33.7%。
召開1次阿公店溪整治聯繫會議，持續追蹤A19排水納入污水廠處理期程、操作岡山河堤礫間水質淨化場、岡山區列管事業加強稽查辦理情形、畜牧業推動辦理「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」執行情形等。阿公店溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從96年之86.2％降至110年之15.4%。
召開1次愛河整治聯繫會議，推動愛河污水下水道用戶接管及中上游水質改善工作。持續操作微笑礫間水質淨化設施功能提升工程、愛河上游九番埤人工濕地與檨仔林埤水質改善工程操作成效，並加以分析愛河水體變色可能成因，今年度持續推動愛河上游北屋及九番埤排水水質淨化場，以期持續改善愛河上游段水質，且持續辦理事業污染重點稽查。愛河藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從100年之47.8％降至109年之14%。
本部除了11條重點河川整治外，也推動都會型河川整治復育，105年度「臺中市柳川污染整治及環境改善工程)」(中正柳橋-南屯柳橋)」已完工啟用，每日可截取2.7萬公噸之污水，並運用低衝擊開發（Low Impact Development, LID）工法削減非點源污染，柳川水質由嚴重污染下降至中度污染，提供民眾優良之水體環境。