過去地方政府為鼓勵民眾踴躍檢舉亂丟菸蒂或烏賊車，常編列預算發放檢舉獎金予檢舉人，但是常因而得罪遭檢舉人反彈，在審查預算時遭刪減檢舉獎勵金，讓原本環保單位美意因而大打折扣。

為了解決檢舉獎勵金法源不足問題，環境部特別於水污染防治法新增66條之4規定，規範民眾得檢舉違反該法之行為，其經查證屬實且罰鍰達一定金額者，得以實際收到的罰鍰總金額收入之一定比例提充檢舉獎勵金予檢舉人(如圖1)。

而為了使直轄市、縣市主管機關未來提撥水污染檢舉獎勵金比例有一定的參考規範，環境部特別於104年先訂定獎勵金發放指導原則，建議檢舉獎勵金發給相關規定，再提供直轄市、（縣）市主管機關參考訂定自己轄內適用的獎勵辦法，讓全國民眾都能順利領到檢舉獎勵金。

依據環境部訂的獎勵金指導原則，依據民眾檢舉案件違法程度，若查證屬實，最多可以領到主管機關實收罰鍰金額之10%為上限的獎勵金，如果檢舉案件屬於重大違規，像工廠偷排或廢水沒有處理就排放的情形，獎勵金上限可提高到20%。

其中，最特別的是針對檢舉人現為或曾為被檢舉人之受僱人者，也就是「大義滅親」的民眾，特別訂定所謂的「窩裡反」條款，若檢具雇用業者違法屬實，最高可拿到50%獎勵金。且水污法也明訂雇主若對檢舉人有解僱、降調、減薪或其他不利之處分作為，一律無效。以避免還「在職」檢舉人因檢舉案而遭業主惡意報復。（以上各項獎勵金發放比例請參考各市縣訂定之獎勵辦法所訂之比例為準)