臺灣SDGs當中，有關環境保護的指標為第6項「確保環境品質及永續管理環境資源」。
「環境品質」目標包含環境品質與資源治理等2個面向，納入水資源治理、空氣污染防制、廢棄物與資源循環、土壤污染整治、確保環境衛生等，同時亦注重全民參與。
環境部是我國環境事務的主管機關，由水質保護司辦理多項水質保護之施政工作，長期推動我國水質保護及永續發展，維持臺灣人民生活環境品質。以下為水質保護司針對臺灣SDGs第6項核心目標當中的各項具體目標所辦理的重點工作：
6.1 2030年前，實現所有人均能普遍和公平獲得安全且可負擔的飲用水。
臺灣每年光是瓶裝水（不含其他飲品），就生產了10億瓶，排列長度等同於環繞地球5.7圈。生產塑膠瓶除了要耗費大量原油、水等地球資源，還會造成空氣污染、水污染及溫室氣體排放。只要臺灣消費者每年減少使用1%的瓶裝水，等同為臺灣增加2.3座大安森林公園的碳吸附量。
2020年，由民間團隊CircuPlus（循環經濟創業生態系社群）開發「奉茶APP」，結合環境部「綠色生活」共同推廣，讓民眾快速找到最近的奉茶站，不用花錢買水喝還能愛地球。民眾外出時，只要帶著自己的環保杯，並查詢打開奉茶地圖，就能找到裝水站，用最帥氣的方式喝水。
呼籲各政府機關、公營機構及公益團體，一起加入「奉茶行動」，比如辦理活動時可以提供餐具租借服務、設立加水站取代發放瓶裝水、設置餐具清洗台等，都能讓民眾更便利使用裝水服務，減少塑膠瓶裝水的使用。
6.3 2030年前，透過減少污染、消除傾倒廢物、減少危險化學物質與材料釋放等方式改善水質，將未處理廢水的比例減半，並提高全球水資源回收率與安全再利用率。
環境部執行多項水污染管制措施，減少受污染的廢水排放入河；加強推動廢污水妥善處理；以公共污水廠二級處理放流水循環利用作為新興水源，提升水資源利用效率、降低傳統水資源開發需求；加強事業廢污水排放稽查管制，查緝可疑污染源，遏止水質污染情形發生。
管制面向主要針對事業廢水、生活污水及畜牧廢水。透過水污染防治法管制事業排放的廢水，被管制的工業區都有聯合污水處理廠，集中工業區工廠的廢水並統一處理。
生活中排放廢水也是重要的管制面向，包括糞尿污水及廚房、洗衣、洗澡等生活雜排水，假如未經處理即排入河川、水庫，將導致水質惡化，發臭或優養化。環境部在污水下水道建設接管未完成或未普及的地區，推動現地處理設施，種類主要包含污水截流、礫間氧化、人工濕地等，目標在污水排放附近就將污水或排水就地處理，避免污水直接進入河川造成污染。此外，現地處理設施除了具有水質淨化功能，環境部也針對部分設施營造親水環境空間，不僅為當地水質帶來改善，也提供民眾休閒遊憩的好去處。
畜牧業發展帶來大量廢水、廢棄物，水污法規定畜牧業排放廢污水需符合放流水標準。另外環境部推動畜牧糞尿資源化，將畜牧廢水經過厭氧消化處理，產生的沼液沼渣可利用澆灌農田，作為資源循的環利用。
透過肥水入田，不僅讓是有效的循環經濟措施，也能讓農民節省化學肥料成本。2023年，執行畜牧糞尿資源化的畜牧場已經超過3,000家！
6.6 支援及強化地方社區參與，以改善水與衛生的管理。
環境部邀請民眾踴躍參與水環境巡守隊，作為水污染防治工作的具體行動，持續推動社區參與，鼓勵民眾進行污染通報、髒亂清理、河川巡守、水質檢測等工作，積極參與地方的水環境管理監督。
當民眾發現水環境污染或疑似廢水排放情形，可立即透過各地環保局專線進行通報，或由環保單位主動與民眾聯繫，合作進行蒐證舉發及督導改善工作，遏止流域污染或廢液偷排情事。環境部也輔導各巡守隊建立「巡檢路線」及「照顧區」，由巡守隊員定期在這些地區巡檢及辦理淨溪或淨川活動，提升民眾水環境改善的參與度。
直到2022年底為止，全國水環境巡守隊數量達到489隊巡守隊，隊員人數高達13,836人，各隊伍都各有特色，民眾只要透過當地環保單位了解資訊，每個人都能成為地方水環境改善的關鍵人物！