興建林內1號及2號堤防，截斷濁水溪與北港溪之通路，因此自成北港溪水系，以洩各支流之山洪。

因淤泥堆積、河床攏高、流量減低，再加上陸上運輸改進，原屬於笨港的商業優勢逐漸式微。船運沒落後，北港溪轉為提供農業灌溉、養殖漁業、洩洪排水、工業冷卻用水，繼續扮演生命之河重要的角色。

民國47年受到七八水災，因西南氣流，苗栗至雲林一帶豪雨不斷，地面積水難退，再加上山洪爆發，多處河川高漲決堤，沖毀大量房屋及農田。民國48年雪莉颱風經過台灣下方，帶來大量雨水，導致北港溪周邊田園損失慘重。

北港溪經歷九二一地震以及桃芝、納莉颱風侵襲後，部分上游山區呈現礫石層裸露或嚴重淤積情形，因此雲林縣政府針對北港溪流域整體治理提出規劃案。重建工程分別由經濟部水利處、農委會水保局、農委會林務局等就所屬權責單位進行。

北港溪於民國94年被環保署*列為台灣惡水榜榜首，陳立法委員邀集行政院環保署*、內政部營建署、雲林縣政府、嘉義縣政府，進行北港溪流域整體治理規劃的預算編列。

北港溪古航道兼具自然生態及歷史價值的航向，生態景觀上，由於北港溪出海口有尖山、蔦松、牛挑灣等，整個出海口宛如一座大湖，夕陽遠照，景色優美，並帶來豐碩生胎及魚類資源。

行政院環保署*在95年針對國內重點河川訂定河川流域重點督察管制計畫，希望在勤查重罰下能歇止不肖業者偷排廢水行為，以減少河川水體遭工業廢水污染案件發生。

延續去年北港溪整治計畫經費規畫，在民國95年進行北港溪整治規劃，並至雲林進行會勘。

行政院環保署*為減輕雲林縣豬廢水對河川水質之影響，與雲林縣環保局聯手鎖定馬公厝大排沿岸畜牧業及其他事業單位進行全面稽查計97年1至5月底，共有15家業者遭環保單位告發。

「北港溪水岸整建及景觀改善計畫」將劃能夠納入地方民眾的願景，未來期待北港溪能恢復原有的清潔乾淨，堤岸邊能夠建設成「親水休閒公園」，與北港觀光旗艦計畫銜接，提供觀光客以及附近居民一個假日或平常休閒運動的地方。

北港溪北港排水水質淨化場採用「礫間接觸曝氣氧化法」進行水質淨化，處理晴天污水的礫間水量高達10,000CMD，能有效改善北港溪水體水質。

推廣引導訓練豬隻在集中且固定於特定位置進行排泄，故於豬欄內設置簡易型排糞鐵架，供豬隻循其排泄物味道，達固定排泄設施上進行排泄。

雲林縣環保為加強巡守隊向心力及經驗傳承，辦理「102年度淨溪淨川宣導活動」，讓民物眾了解北港溪水質及生態，並邀請共八隊巡守隊供同淨溪活動。

北港溪流域西結里水質淨化區於104年1月設置完成，主要以水質淨化導向為主，除於截流抽水井外，淨水設施採最低RC結構物方式進行規劃配置，各漫地流槽區及放流溝均採土堰方式進行圍阻，漫地流單元內種植採現地自然植栽。處理水量2,200CMD，水質去除率處理目標為BOD: 54.3%~56.0%，SS: 53.9%~55.2%，氨氮：43.6%~52.9%。

推展畜牧糞尿作為農地肥分使用，實現綠能首都河川清淨、空氣清新、循環經濟，雲林縣政府團隊環保局與農業處聯手推動輔導畜牧業，使用槽車或管線施灌，施灌農地面積達122.65公頃以上，目前施灌作物包含水稻、大蒜、蔬菜、玉米、毛豆、西瓜、花生、狼尾草等。

水利署考量地方需求，展開北港溪魅力河段環境營造工程，兼顧防洪、生態、休閒遊憩、宗教觀光等，為水利工程內涵的大躍進，內容包括高灘地多功能廣場、牛墟市集營造及開闢越堤道路等，將增添10公頃綠地公園。