納莉颱風夾帶旁陀大雨襲擊台灣，使桃園市南崁溪暴漲，潰堤嚴重，全縣淹水災情嚴重，民眾倉荒疏離，數百輛汽車泡在水中，出海口一帶的大園鄉果林村更是水淹至一層樓高度，但所幸並無人傷亡。

環保署署長*於4月15日宣示南崁溪流域污染整治決心，環保署*即擬訂「南崁溪流域事業廢水加強稽查管制作業計畫」，經兩個多月稽查管制已初具成效，總計稽查205廠次，並以處罰8場次，罰金總額達新台幣167萬4千元。

桃園市受到611水災後，沿岸多處溼地遭受破壞，因此桃園市府投入大量經費及人力，規劃高達2公頃的人工濕地，並開放企業認養，於102年正式開放南崁溪人工溼地園區，並將瀕臨絕種或桃園特色水生植物進行植栽復育。

桃園市市長指出南崁溪為重要溪流之一，南崁溪人工地綠化園區結合在地環境，已成功復育瀕臨絕種的桃園藺、台灣萍蓬草、點頭飄拂草等桃園原生稀有水生植物，以及夜鷺、蒼鷺、小白鷺等鷺科鳥類，園區內也發現螢火蟲蹤跡及埃及聖䴋，代表南崁溪水質環境逐漸改善。

桃園市政府於105年1月1日啟動環境污染監控中心，透過天羅地網預警系統及稽查全面e化方式，強化污染事件的主動預警及因應能力

大檜溪橋水質淨化設施（朝陽礫間）截流南崁溪上游主要支流東門溪及其沿岸生活雜排污水，在溪畔的朝陽公園設置礫間水質淨化現地處理系統處理後排放，每日可處理1萬公噸生活廢水，預計106年完工試運轉，利用水中微生物自然淨化水質原理，對污染物去除率可達70%以上。

桃園市為加速推動河川整治工作，，除了環保單位稽查非法廢水排放外，亦興建污水下水道及處理廠建設，因此民國101年採用BOT方式發包新建桃園水資源回收中心，在104年試車驗收第一期完畢，每日處理容量達5萬CMD，並於105年正式核准營運。

桃園市政府經長達10年的的整治，南崁溪已達到百年防洪標準，魚蝦鳥類也逐漸回到河川生態中，桃市市長爭取到555億元進行南崁溪全流域整治經費，希望讓南崁溪一舉成為輕度污染水質的清水、親水河川。

桃園市府推動南崁溪整體願景，達到「水岸融合」與「環境優化」兩大目標，在上游經國二號橋至下游大檜溪橋進行護岸整建立水域營造工程，並新建一座印象大橋串連既有步道，讓民眾未來經過此路段，不必在度進入車道中，也將成為桃園南崁溪新地標。

桃園市政府極為重視農地水源及糧食安全，多年來積極整治污染農地，為了更有效的控制金屬污染相關問題，桃園市環保局針對南崁溪流域，擴大同總量管制排放標準。

為東門溪礫間工程及地下觀察廊道的美麗化身，截流南崁溪上游主要支流東門溪及沿岸生活廢水，在溪畔的朝陽公園設置礫間水質淨化現地處理系統處理後排放，每日可處理1萬公噸生活雜排水，利用水中微生物自然淨化水質原理，對污染物去除率可達70%以上。

桃園市環保局在南崁溪會稽橋與青溪橋之間，進行生態棲地營造復育活動，延續過去生態工程進一步改善南崁溪沿岸生態，建立良好的環境，回復當地魚類的數量與多樣性。

南崁溪上游水質淨化工程2018年3月啟動開工，2020年4月完成試運轉1,500 CMD並竣工，全量運轉並改善南崁溪上游水質狀況。

新北市與桃園市成立環保共同打擊聯絡平台，通報即時也能迅速掌握污染地點，雙方聯繫查處無縫接軌。

水汴頭水質淨化現地處理（大檜溪橋淨化工程）2019年2月啟動開工，2020年4月竣工，每日可處理3,000噸污水改善大檜溪橋下游河川水質。

南崁溪上游氨氮削減設施2023年3月啟動開工，2024年5月進行運轉，設施設計處理水量為18,000 CMD，削減南崁溪上游河段氨氮污染負荷。

東門溪水質淨化現地處理設施於2025年2月啟動開工，預計2026年完工。完工後預計處理水量為15,000 CMD，設施採用生物處理之接觸曝氣工法，氨氮去除率達90%，預期可削減氨氮176 kg/day。