納莉颱風夾帶旁陀大雨襲擊台灣，使桃園市南崁溪暴漲，潰堤嚴重，全縣淹水災情嚴重，民眾倉荒疏離，數百輛汽車泡在水中，出海口一帶的大園鄉果林村更是水淹至一層樓高度，但所幸並無人傷亡。

環保署署長*於4月15日宣示南崁溪流域污染整治決心，環保署*即擬訂「南崁溪流域事業廢水加強稽查管制作業計畫」，經兩個多月稽查管制已初具成效，總計稽查205廠次，並以處罰8場次，罰金總額達新台幣167萬4千元。

桃園市受到611水災後，沿岸多處溼地遭受破壞，因此桃園市府投入大量經費及人力，規劃高達2公頃的人工濕地，並開放企業認養，於102年正式開放南崁溪人工溼地園區，並將瀕臨絕種或桃園特色水生植物進行植栽復育。

南崁溪大園鄉果林村一帶飄出刺鼻酸味，之後突然有近千尾魚暴斃翻肚，懷疑為上游工廠偷排工業廢水導致。

桃園市環保局接獲通報，並查某物流公司將清洗鐵桶的褐色泡沫水直接排入南崁溪中，導致泡沫蔓延約一公里，除此之外還造成魚隻死亡，被環保局依法重罰，並要求三日內清溪中泡沫及魚屍。

桃園市環保局查獲某工廠將未經處理乳白色廢水，直接繞流偷排至南崁溪中，依法重罰新台幣53萬元，並勒令停工處分。

桃園市市長指出南崁溪為重要溪流之一，南崁溪人工地綠化園區結合在地環境，已成功復育瀕臨絕種的桃園藺、台灣萍蓬草、點頭飄拂草等桃園原生稀有水生植物，以及夜鷺、蒼鷺、小白鷺等鷺科鳥類，園區內也發現螢火蟲蹤跡及埃及聖䴋，代表南崁溪水質環境逐漸改善。

桃園市政府於105年1月1日啟動環境污染監控中心，透過天羅地網預警系統及稽查全面e化方式，強化污染事件的主動預警及因應能力

東門溪礫間工程截流南崁溪上游主要支流東門溪及其沿岸生活雜排污水，在溪畔的朝陽公園設置礫間水質淨化現地處理系統處理後排放，每日可處理1萬公噸生活廢水，預計106年完工試運轉，利用水中微生物自然淨化水質原理，對污染物去除率可達70%以上。

桃園市為加速推動河川整治工作，，除了環保單位稽查非法廢水排放外，亦興建污水下水道及處理廠建設，因此民國101年採用BOT方式發包新建桃園水資源回收中心，在104年試車驗收第一期完畢，每日處理容量達5萬CMD，並於105年正式核准營運。

桃園市政府經長達10年的的整治，南崁溪已達到百年防洪標準，魚蝦鳥類也逐漸回到河川生態中，桃市市長爭取到555億元進行南崁溪全流域整治經費，希望讓南崁溪一舉成為輕度污染水質的清水、親水河川。

桃園市府推動南崁溪整體願景，達到「水岸融合」與「環境優化」兩大目標，在上游經國二號橋至下游大檜溪橋進行護岸整建立水域營造工程，並新建一座印象大橋串連既有步道，讓民眾未來經過此路段，不必在度進入車道中，也將成為桃園南崁溪新地標。

桃園市政府極為重視農地水源及糧食安全，多年來積極整治污染農地，為了更有效的控制金屬污染相關問題，桃園市環保局針對南崁溪流域，擴大同總量管制排放標準。

為東門溪礫間工程及地下觀察廊道的美麗化身，截流南崁溪上游主要支流東門溪及沿岸生活廢水，在溪畔的朝陽公園設置礫間水質淨化現地處理系統處理後排放，每日可處理1萬公噸生活雜排水，利用水中微生物自然淨化水質原理，對污染物去除率可達70%以上。

桃園市環保局在南崁溪會稽橋與青溪橋之間，進行生態棲地營造復育活動，延續過去生態工程進一步改善南崁溪沿岸生態，建立良好的環境，回復當地魚類的數量與多樣性。

南崁溪上游水質淨化工程2018年3月啟動開工，2020年4月完成試運轉1,500 CMD並竣工，全量運轉並改善南崁溪上游水質狀況。

新北市與桃園市成立環保共同打擊聯絡平台，通報即時也能迅速掌握污染地點，雙方聯繫查處無縫接軌。

水汴頭水質淨化現地處理（大檜溪橋淨化工程）2019年2月啟動開工，2020年4月竣工，預計5月試運轉3,000 CMD改善大檜溪橋下游河川水質。