鹽水溪位於臺南市境內，為中央管理河川，其發源於臺南市龍崎區深堀尾，途經關廟區、歸仁區、新市區、永康區、北區、安平區、安南區等行政區，最後於安平區與安南區交界處注入臺灣海峽，主幹流長度約為41.3公里，流域面積約為343.74平方公里，主要的支流包括柴頭港溪、潭頂溪、許縣溪等。
鹽水溪與其支流的上游河段水質清澈，在早期即建有虎頭埤、鹽水埤等埤塘，一直以來都是當地農民的重要水源，然而隨著臺灣經濟起飛，工業開始快速發展，鹽水溪中下游的水質狀況因為沿岸流入的工業廢水與生活污水開始快速惡化，由於出海口附近為四草野生動物保護區、台江國家公園與四草國際級濕地，因此近年來政府開始積極執行水質改善工作，以保護當地珍貴的生態資源。
年份
事件表
1864
虎頭埤水庫完工
堵截大目降南溪，即虎頭溪而成的埤潭，水源地為約500公頃之中興林場，有效蓄水量805,570立方公尺，提供臺南市農田灌溉，是一座具備灌溉及觀光遊憩等用途的多功能水庫。
1955
鹽水埤水庫完工
設計最大蓄水量為75.5萬立方公尺，現今約為25.5萬立方公尺。集水區面積為5.75平方公里，鹽水埤主要功能 為虎頭埤水庫補助水源，灌溉崁頂、虎山、大洋、營尾等地區農作物。
1971
台碱安順廠污染事件
漁民陳情台碱安順廠排放污水毒斃魚蝦，要求賠償。
1981
成大完成「鹽水溪流域水污染防制規劃」
民國70年鹽水溪因水質急速惡化，成大完成之「鹽水溪污染防治規劃」，內容包括劃分管制區域禁止設置污染性工廠、新化鎮施作下水道系統及二級處理等。
臺灣碱業公司臺南安順廠污染事件。
1993
台南市政府完成的「鹽水溪污染防治計劃」所做規劃
台南市政府委託執行「鹽水溪流域污染防治計畫」，包含將整治分為近、中、長程，以加強管制工業及畜牧廢水、截流污染較大之溪流、興建污水下水道系統等。
1999
安平水資源回收中心完工
依臺南市污水下水道系統第一期實施計畫之規劃先行興建，該廠設置於運河南端出口右岸健康路南方污-16 計畫用地上，設計處理水量為 132,000 CMD，主要採二級生物處理，放流水承受水體為安平內海，目前已完工運轉中。
2000
垃圾場污水外滲污染事件
新化鎮新化鎮公所垃圾場污水外滲造成污染鄰近土地損害賠償事件。
2002
稽查管制強化作為
環保署*環境督察總隊及南區環境督察大隊正式成立。
2003
永康市污下水道截流永康排水
永康污水下水道系統第一期將於民國92年起施工，因污水處理場位於永康大排50m處，建設時可建造截流設施，將永康排水截入處理場處理，不但可減少永康大排之污染，也可解決污水處理廠完工初期運轉污水量不足之困擾。
2005
建置現地處理工程改善水質
鹽水溪安順排水水質淨化場正式啓動運轉，每天可截流4,000公噸河水，淨化效益生化需氧量可由49.7 mg/L降至2.8 mg/L，溶氧可由2 mg/L提昇至7 mg/L。
強化水環境巡守隊交流合作
環保署*舉辦「94年台江文化季暨南部河川志工巡守大會」，開啟政府與非營利事業共同守護家園、守護河川的合作經驗。
2006
安順排水水質淨化場完工
現場水質改善工程設施主要利用 0.4 公頃用地，以接觸曝氣法建造水質淨化場，截流處理安順排水河川水，另於處理設施後端亦設置小型人工溼地，藉由溼地植生及場址週遭綠美化，營造一處具多元化處理系統及多樣化生態環境的場所。
2007
推動整治策略
張組恩署長*視察鹽水溪，與營建署、農委會、水利署、工業局、臺南縣及臺南市政府等相關單位共同討論整治方向，並為河川守護尖兵加油打氣，頒發優良河川巡守隊獎狀。
2010
柴頭港溪截流工程
柴頭港溪截流工程主要考量安平水資源回收處理中心尚有21,000 CMD 餘裕處理量，故擬優先截流柴頭港溪下游臺南市雨水箱涵水體，以達初期削減柴頭港溪污染之目的。
2011
鹽水溪污染管制公告
公告「鹽水溪流域水污染管制區」，其主要目的是為了防治鹽水溪流域水污染，確保水資源清潔，以維護生態體系，改善生活環境，增進國民健康。
2015
推動海底打撈作業
於臺南安平港等6處，進行海底垃圾清除及調查分析。
2016
鹽水溪排水線優養化事件
鹽水溪排水線優養化，水中藻類增生所致使河面呈綠色，環保局稽查人員將加強巡查是否有衍生其他環境污染，並定期監測該區域水質變化情形。
2017
建置新市排水水質淨化場
新市排水水質淨化場工程預計BOD污染削減量為161.1 kg/day，SS污染削減量為124.6 kg/day，可減輕大洲排水線污染情勢及改善鹽水溪主流污染負荷。
家電鍍廠偷排污染事件
臺南市環保局長期佈線查緝工廠偷排廢水，會同環保署*南區督察大隊、警政署保安警察第七總隊於清晨查獲永康區1家電鍍廠將未經處理的廢水以暗管偷排入水溝。
2018
增設「虎頭溪排水水質淨化場」
臺南市政府獲得環保署*補助經費辦理「虎頭溪排水水質改善工程」，工程總經費約新台幣5,222萬元，環保署*補助3,133萬元，市府編列2,089萬元，已於107年完工運轉。水質淨化設施採接觸曝氣法，總計可處理7,000噸污水，減輕鹽水溪上游污染負荷。
*備註: 環保署於2023年8月22日改制為環境部
半紋小鲃(Puntius semifasciolatus)是一種有觀賞價值的臺灣原生淡水魚類，雄魚體色綠、紅相間，頗為鮮豔。牠喜歡棲息在水質較佳、水生植物叢生的河川緩水域中。由於水汙染、棲地破壞與外來魚種的威脅，這個魚種已經變成一種難得一見的罕見魚類。水利署在近年所委託的生態調查報告顯示，鹽水溪流域的八甲圳仍然可以發現半紋小鲃的蹤跡，這說明該處水圳仍保有相對較佳的水域環境，值得我們持續予以關注。
在鹽水溪主流多處河段都可以發現的斑龜(Mauremys sinensis)雖是臺灣最常見的淡水龜，但在國外卻不多見。牠喜歡棲息在水質未受嚴重汙染、有水生植物且河岸仍未水泥化的河段中。斑龜雖然大多數時間住在河川中，但繁殖時必須在河岸或池塘邊的沙土底質中產下牠的卵。隨著河川水質汙染、河畔水泥化以及外來種紅耳龜(巴西龜)的競爭威脅，斑龜在臺灣部分地區已經變得越來越少見了。
位於 A 區域測站：同心橋、千鳥橋
位於 B 區域測站：豐化橋、新灣橋
位於 C 區域測站：太平橋、鹽水溪橋
2019/04/20
轉載： 中時電子報
2017/05/12
轉載： 公視新聞網
2017/03/17
轉載： 自由時報
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鹽水溪流經臺南市人口最稠密的區域，一直以來都肩負供水與排水的重責大任，然而過度的污染排放已成為鹽水溪不可承受之重。幸好近年來透過各種水質淨化工程的積極治理，流入鹽水溪的污水量已經有顯著下降，河川污染程度也逐漸改善，慢慢地找回鹽水溪原本擁有的豐富生態。相信在不久的將來，鹽水溪將會成為流經臺南市區最閃耀的一條河川，呈現人與生態共榮共存的美麗樣貌。