灣裡萬年殿擁有全臺唯一王爺建醮祭典中不焚燒的古王船，王船繞境代天巡狩，由信眾拉著古王船在溪水中前行，應該算是最早的河川巡守了。大部分的民眾都打赤腳，反映出當代的簡樸農村生活型態；透過河水與信仰，二仁溪南北二岸的庄頭情義交融

第一代的南萣橋是用竹子構築而成的，稱為「二仁溪竹筏橋」。竹橋浮貼在水面，由上面跳水，二仁溪彷彿就像天然的游泳池。竹橋上游端綁的長竹竿是用來固定橋面的。

民國六十年代至七十年代前期，每天有120 個裝滿廢五金的貨櫃進到二仁溪北岸的灣裡，用酸洗方法收取金、鈀、白金、銀；焚燒廢電纜取純銅、青銅、白料銅、紅銅；更以熱能熔解金屬渣，提煉金屬錠。「垃圾變黃金」讓灣裡成為廢五金工業城，工廠數百家、人員近萬人，依靠這方面生活的更高達十萬人以上，但所有的污染都由二仁溪承受。

民國67 年的萬年殿王船祭應該是最後一次古王船下水。照片的地點在三爺溪，信眾們協力將王船推拉上岸，岸邊已經有王爺神轎在恭迎王船蒞臨。古王船上除了原來的幡旗外，還有一面大大的青天白日滿地紅國旗。

以露天燃燒方式燒廢電線、電纜披覆的塑膠，而回收銅線，所留下的灰燼中發現含有戴奧辛劇毒，造成廣大面積的空氣污染

當時政府覺得這種污染非常嚴重，所也試了各種辦法來管制。最早的方式是設一個廢五金專區，就設在灣裡

廢五金業者運用硝酸的特性酸洗出金銀等貴金屬，在極盛時期，光是灣裡一個村莊就日產黃金千兩，而在那個環保意識低落的年代，所有廢液都直接倒掉而流進二仁溪。酸洗後的廢液不止PH值低，還含有高濃度的鉛、銅、鋅等金屬，這造成了臺灣第一起綠牡蠣事件

二仁溪之南萣橋下游有機物污染確實很嚴重，南萣橋附近之吳郭魚的肝臟單氧酵素之benzo(a)pyrene monooxygenase的活性比雙溪貢寮、淡水河福和橋及翡翠水庫之吳郭魚高出許多。

在經濟繁榮的背後，有毒的物質污染空氣、河川、土地，對人體的健康會造成傷害，灣裡廢五金惡名昭彰，灣裡變成「戴奧辛的故鄉」，二仁溪被稱為「烏龍江」，灣裡人更是付出相當大的代價。1993 年，政府宣布「禁止廢五金進口」，灣裡輝煌的廢五金工業，走入歷史。

調查結果顯示二仁溪下游二層行橋、三爺宮溪、白沙崙三採樣站所採集之魚體樣品和上游與嘉義布袋、竹北水試所樣品比較，多氯聯苯含量呈現偏高現象。

二仁溪附近的廢五金業者，其重金屬作業逕流沖蝕污染土壤，因此臺南縣政府於民國88年期間，三度開拆22家二仁溪廢五金工廠。

環保署長*在清晨進駐現場，大舉突擊將68 家全數拆除，這個動作在當時讓全國感受到執法的魄力。署長*親臨現場，調度指揮，受到業者強烈的抗爭，仍然完成任務。

環保署*規劃改善二仁溪跟將軍溪水質的整治計畫。當時的臺南市、高雄縣跟臺南縣的首長共同約定了二仁溪整治的願景與目標，每季開會來推動這個計畫。執行完畢後，新政府再規劃了二仁溪污染整治計畫，由兩個直轄市與中央一起建立二仁溪未來水質改善的目標。

縣市合併之前的臺南市、臺南縣跟高雄縣三個行政轄區的界河，這三個這個轄區的首長，還有環保署*、水利署首長共同去簽署這個二仁溪再生願景，然後由河川守護團體來作見證。

環保署*與臺南市政府合作整建既設之虎尾寮污水處理廠，截流處理二仁溪污染最嚴重支流三爺溪溪水。於93年度先截流三爺溪水處理。持續改善污水處理廠部分設施，提高設備利用率。除可降低原污染現況外，亦有助於河川自淨作用。

為有效改善二仁溪流域水質，在二仁溪流域支流三爺溪、仁德排水及保安排水等設置萬代橋、仁德排水及港尾溝溪等三座水質淨化場以淨化水質。這些水質淨化廠近期的均可同時完工，為二仁溪水質的改善將邁出一大步。

二仁溪沿岸廢棄物棄置問題環保署*一向十分重視，環保局完成清除二仁溪沿岸白砂崙及圍仔內段公有地約4,849公噸含重金屬有害事業廢棄物，清除後場址已由當地民間環保團體認養復育，還河川清淨面貌。

除了過去已經清除了5.3萬公噸的廢棄物外，在堤防外棄置的廢棄物，將近5萬公噸，這部分的清除施作，是由環保署*土壤污染整治基金來執行。這些清除工作完成後，對於二仁溪的水質會有很大的幫助。

水質監測結果，二仁溪污染長度已100％降至22.4％。環保署*也補助二仁溪設置3處水質淨化場，市府水利局亦在二仁溪流域規劃5處污水下水道系統，未來下水道系統陸續運轉後，必能有效改善二仁溪的水質。

95年即辦理「三爺溪水質改善工程規劃設計案」及「港尾溝溪水質改善工程規劃設計」，為達污染削減、水質淨化及生活品質提升之目的，故以配合現地處理技術並結合滯洪池環境景觀，而推動改善工程設計之執行

臺南市政府受環保署*補助辦理「臺南市二仁溪大甲二行生態濕地工程」，工程經費三千餘萬元，工程於2016年12月25日完成主體工程施作，目標截流處理臺南市仁德區大甲、二行兩社區晴天污水，最大處理量約每日二千七百噸，截流後引入濕地，預期藉由削減民生污水同時營造二仁溪河川生態復育。

108年臺南市政府針對三爺溪沿線事業實施加嚴放流水標準，明定重金屬銅排放標準由原先3.0 mg/L大幅下修至1.2 mg/L，遠較既有排放標準嚴格。此舉針對區域內金屬加工、表面處理等事業類型，要求提升廢水處理設施效能與製程管理，同步搭配不定期稽查與高頻率水樣抽驗，強化源頭控管力道。

於109年啟動「萬代橋水質淨化場功能提升計畫」，以截流、淨化、教育及景觀四大面向進行全面升級。每日處理量提升至13,500公噸，同時強化觀察廊道，增設觀景窗、解說牌與照明設施，讓民眾可直觀礫石籠中水流的淨化過程，推廣環境教育。

臺南市港尾溝溪疏洪道污水截流工程透過專管系統截流晴天生活污水，搭配疏洪道整治與護岸加固，具備明顯的水質淨化、防洪緩洪與環境改善成效，是二仁溪流域水環境治理的重要節點。

111年的內門區是二仁溪上游的重要關鍵地點，因畜牧廢水長期污染成為整治重點。環境部聯手高雄市政府，推動「內門區二仁溪永續水質示範計畫」，在深山中設置「內門畜牧廢水資源化中心」，先進入好氧與厭氧發酵槽處理養豬廢水，產生沼液沼渣可以作為茶樹園肥料、沼氣更可作為綠電原料，實現養豬業的循環經濟。

透過源頭截污、系統升級與再生水補注，臺南市啟動「排水上流截流」與「虎尾寮水資源回收中心改善擴建工程」，將周邊未納管污水全面導入處理系統，日處理量由 1.2 萬提升至 2.7 萬公噸。工程每日回補 1 萬噸處理後淨水至三爺溪上游，不僅有效提升基流量、降低氨氮與污染負荷，更顯著改善水質。同時藉由優化截流設施與管線銜接，確保污水不再入溪，形成穩定截流與高效率處理的整合鏈，成為三爺溪與下游二仁溪整治的重要里程碑，也為城市水環境翻轉寫下關鍵一章。