畜牧產業為臺灣農業生產中重要的一環，其生產總值每年均超過新臺幣1千億元，占農產品生產總值33%以上；臺灣的畜牧產業經幾十年之發展已由早期的小規模、家庭副業方式，逐漸轉型成專業集約式經營，對繁榮農村經濟及安定社會，深具貢獻。惟畜牧業發展的過程，也帶來大量廢水、廢棄物，經常是民眾及輿論關切的焦點，加上近年來環保意識抬頭，民眾對居住環境品質的要求提高，畜牧廢水、家庭廢水與事業廢水已並列為對環境的三大衝擊。

水污染防治法第2條第7款授權訂定水污染防治法事業分類及定義業別53.畜牧業（下稱事業定義），飼養豬超過20頭或飼養牛超過50頭者，即為受水污法管制之畜牧業。目前全國養豬場共6,308場，以養豬頭數來看，雲林縣占28.46%為首，屏東縣占22.23%為次，彰化縣占13.86%列為第三，臺南市、嘉義縣及高雄市則分別占10.59%、7.14%及5.45%，養豬頭數資料請參考表1。

• 依水污法第7條第2項規定，排放廢（污）水應符合放流水標準，違反放流水標準時，處6,000元以上60萬元以下；依水污法第18條之1規定，繞流排放者，依水污法第46條之1規定，處6萬元以上2,000萬元以下罰鍰。
• 飼養豬超過200頭者，依水污法第14條規定，您如排放廢（污）水於地面水體，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發簡易排放許可文件後，並依登記事項運作，始得排放廢（污）水。若未取得簡易排放許可文件運作產生廢（污）水，依水污法第45條第1項規定，處6萬元以上600萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業。若已取得排放許可證或簡易排放許可文件卻未依據登記之內容運作，其運作內容屬應事前向環保局辦理變更者，依水污法第45條第2項規定，處6萬元以上600萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。若運作內容屬事後30日內向環保局辦理變更者，依水污法第45條第3項規定，處1萬元以上60萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰。
• 依水污法第18條等規定，事業應辦理定期檢測申報作業，畜牧業應依廢（污）水檢測申報表定期申報水質、水量等資料。
• 畜牧業排放於土壤或地面水體之廢（污）水所含之有害健康物質超過本法所定各該管制標準者，依水污法第36條第1項處行為人3年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣20萬元以上500萬元以下罰金。前述行為若同時構成繞流排放、無排放許可證、簡易排放許可文件或土壤處理許可證者，依水污染防治法第36條第3項加重為5年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣20萬元以上1,500萬元以下罰金。畜牧業注入地下水體之廢（污）水含有害健康物質者，依水污法第36條第2項處行為人1年以上7年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣20萬元以上2,000萬元以下罰金。負責人或監督策劃人員若共同參與前述犯罪行為，更加重刑責至二分之一。
• 考量畜牧糞尿排放水體為錯置資源，環保署*於104年11月24日第一次修正水污染防治措施及檢測申報管理辦法，增訂第10章之1專章規範沼液沼渣農地肥分使用，符合該辦法第70條之1規定之畜牧業，依第70條之2規定向農業主管機關檢具沼液沼渣肥分使用計畫，將畜牧糞尿由放流水管制轉化為肥分資源使用。
• 環保署*於105年10月28日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，為提高畜牧糞尿資源化之效益，擴大沼液、沼渣作為農地肥分使用適用對象，及明確農地為供作農作之土地，並合理調整沼液沼渣、施灌農地地下水水質背景值及農地土壤品質檢測項目，降低畜牧業負擔，提高執行沼液沼渣農地肥分使用執行之意願，以促進水體清潔。
• 為促進畜牧資源循環經濟，環保署*於106年12月27日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，要求飼養豬隻未滿200頭之畜牧業應檢具廢（污）水管理計畫，並明定飼養豬隻或牛隻畜牧業應採行畜牧糞尿資源化處理措施及應符合之比率。同時簡化畜牧業採資源化措施之作業流程，明確畜牧業者自農業主管機關核准個案再利用或肥份使用計畫日起得執行施灌免辦理許可之變更; 畜牧業符合標準之放流水回收植物澆灌等再利用資源化措施免辦理回收水質之定期檢測，以持續提升畜牧糞尿資源化成效。
• 為鼓勵小型畜牧業採行畜牧糞尿資源化處理措施，108年3月8日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，簡化飼養豬隻未滿200頭之畜牧業之申請審查程序，將沼液沼渣農地肥分使用資料，納入廢（污）水管理計畫申請，免再申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，免提供及檢測沼液、沼渣品質及施灌農地區域地下水水質、土壤品質之背景值及監測值，改由直轄市、縣（市）主管機關邀請農業主管機關參與審查。傳統畜牧採取廢水三段式處理方式（即：固液分離、厭氧及好氧程序處理廢水），大多業者對畜牧廢水的法規及處理程序有初步的瞭解，於截至111年3月全國共處分4,362家次畜牧業。本部期望藉由推動「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」，增進畜牧資源再利用，創造多元經濟效益，以達成「田肥水清」及環境永續之目標。

另外，本部結合科學儀器的使用，運用無人航空載具（UAV）的功能，即時掌握河川水質污染之情形，包含工廠及畜牧業偷排廢水等，本部定期由環境督察總隊執行空拍，有效嚇阻不肖業者投機取巧的心態。

*環保署(2023年8月22日改制為環境部)