新虎尾溪位於雲林縣境內，發源於莿桐鄉重與村附近，於蚊港附近入海，由於屬平地溪流，水流易受阻，輸洪能力不足，遇暴雨常成災，因此水利署於民國76年成立新虎尾溪治理規劃計畫，對該溪的水文、防洪措施做整體性檢討，以期消滅洪災。

1997年3月19日全台第一件口蹄疫案例確診，短短兩個月全臺皆已冪覆在疫情當中，當年度共爆發6,156場口蹄疫，占當時在養戶數24.2％，並撲殺了高達385萬隻豬。然而口蹄疫爆發後，以往遭養豬廢水污染的7大河川水質有明顯改善，新虎尾溪也名列其中。

為了兼顧濕地開發與林相保存，同時協助處理新虎尾溪中游段之環機場大排污水（匯集虎尾鎮尾寮、興中與安溪等社區生活污水）及鄰近區域之農業迴歸水，環保機關利用虎尾空軍基地軍方移防後之閒置土地設置人工濕地，同時配合鄰近觀光文化園區之規劃，將放流水應用於非接觸性用水與灌溉用水等範疇，以建構地表水循環再利用的示範場域。

為解決畜牧業廢水與雲林高鐵特定區人口增加所造成之民生污水，環保署*於民國101年設置新虎尾溪截流站，計畫將虎尾鎮墾地里、廉使里、埒內里、興中里、安溪里與西螺鎮吳厝里等，加上區域排水的新庄子排、過溪仔大排、有才寮排水以及他們的排水支線所帶來的污水，藉由污水截流之方式送至虎高污水處理廠，以降低對新虎尾溪所造成的污染負荷。

為加速境內河川水質水體改善，營造農業首善都市之整體環境，雲林縣政府配合行政院環境保護署*政策，於污水下水道尚未普及之支流排水匯入溪流處，利用礫間接觸曝氣氧化淨水設施，處理崙背地區排水渠道之生活污水及下游段部分畜牧放流水，讓崙背大排高度污染的污水透過淨化後再排入新虎尾溪以減少河川之負擔並使其恢復自然的生態，以有效改善河川水質。

畜牧糞尿經過厭氧消化後生成之水溶性物質為沼液，固體產物則為沼渣，若直接排入河川會帶來大量廢水、廢棄物，而新虎尾溪的污染來源主要即為生活污水與畜牧廢水。為解決水污染的問題，同時促進資源再利用，行政院環保署*於民國於 104 年修正「水污染防治法」相關子法，將畜牧糞尿沼液及沼渣視為資源，回歸農地作為肥分使用，期望透過此政策降低畜牧大縣的河川污染問題。

配合全國水環境改善計畫之執行，莿桐礫間淨化工程以水質自然淨化工法來削減新虎尾溪污染源污染量，設計每日處理水量為1,300 公噸，同時提供居民休閒、遊憩、教育和自然體驗，達到水質保護與提升環境品質的雙重目標。

改善虎高污水處理廠設備更新、新建缺氧池。

協助畜牧業者提升廢水處理效能，進一步為新虎尾溪與下游河川污染減壓，讓新虎尾溪的水質逐步從嚴重污染改善為中度污染，甚至持續向更好的目標邁進。