環境部透過各種污染管制與整治措施逐步改善全國50條主要河川水質，已大幅度改善河川污染問題，惟南崁溪、新虎尾溪、二仁溪、老街溪、北港溪、東港溪及急水溪等7條氨氮達成率偏低，為提升河川水體水質測站達成率，達成我國沒有嚴重污染河段之目標，並配合聯合國永續發展核心目標SDG6，以乾淨水資源為目標，在永續水質的目標下，持續削減排入污染量及氨氮等污染，回應人民殷切期望提升河川品質，本部推動執行109年至112年「永續水質推動計畫-氨氮削減示範計畫」。
於民國92年全國50條重要河川嚴重污染長度百分比高達15.8%，此後即開始呈現下降的趨勢，至民國108年時已經下降至2.8%，河川污染整治效果顯著。
本部以南崁溪、新虎尾溪、二仁溪、老街溪、北港溪、東港溪及急水溪等7條為示範整治河川，主要執行「設置污染削減設施」、「推動污染削減措施與評估」、及「水污染防治基金徵收查核與加強稽查」等三大工作項目，對於氨氮削減由嚴重污染程度（>3 mg/L）改善為中度污染程度（≦3 mg/L）測站次比率為目標。
針對南崁溪、新虎尾溪、二仁溪、老街溪、北港溪、東港溪及急水溪等7條為示範整治河川，主要執行「設置污染削減設施」、「推動污染削減措施與評估」、及「水污染防治基金徵收查核與加強稽查」等三大工作項目。其執行方式可分為建置、控制與督導三種，其中建置包括設置水體氨氮污染削減設施、設置事業氨氮污染削減示範場、示範補助收集處理回收氨氮等三項；控制包括計畫追蹤與執行成效評估、執行污染物削減/資源化措施、水質監測評估檢討推動成效等三項；督導包括專案稽查與執法，降低事業繞流排放或排放未處理廢水、水污染防治基金徵收及查核等兩項。