為回應民眾對河川水質與用水安全的關心，環境部推動《國家環境保護計畫》，分階段改善全國河川水質。首先在近程（108至109年），優先針對淡水河系、南崁溪、老街溪、濁水溪、北港溪、新虎尾溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪、愛河及阿公店溪等11條重點河川展開整治；中程（110至114年）聚焦7條示範河川，加強氨氮污染削減；長程（115至119年）則以達成「全國主要河川無嚴重污染河段」為目標，同時政策也呼應聯合國永續發展目標（SDGs 6），持續朝向讓全民都能安心用水的願景邁進。

環境部則於109年至112年推動「永續水質推動計畫－氨氮削減示範計畫」，以南崁溪、新虎尾溪、二仁溪、老街溪、北港溪、東港溪及急水溪等7條河川為優先整治對象，透過「設置污染削減設施」、「推動污染削減措施與評估」及「水污染防治基金徵收查核與加強稽查」等三大作為，逐步降低氨氮污染，並以將嚴重污染（>3 mg/L）改善至中度污染（≦3 mg/L）為階段性目標。

延續前期推動成果，自113年起進一步推動「永續水質推動計畫2.0－河川環境品質提升計畫」，並結合我國2050淨零轉型政策，將治理思維由單點改善提升為流域整體管理。以「消除污染河段」、「優化水源水質」及「提升近水體驗」為三大核心目標，持續改善河川水質與環境，讓河川不僅脫離污染，更逐步恢復生態機能，朝向水清可親、魚群悠游、人與水和諧共存的生活環境邁進。

109年至112年推動「永續水質推動計畫－氨氮削減示範計畫」，已展現具體成效。透過提升現地水質處理效能、推動畜牧糞尿資源化回歸農地使用並合理控管施灌量，成功帶動氨氮污染逐年下降。7條示範整治河川氨氮平均濃度由100年8.3 mg/L降至112年4.9 mg/L，降幅達4成以上；112年氨氮濃度低於3 mg/L之測站比例亦提升至71%，顯示整體水質已有明顯改善。

自113年起推動「永續水質推動計畫2.0－河川環境品質提升計畫」，進一步擴大整治成果。全國河川嚴重污染長度比例由100年5.3%下降至113年2.5%，幾近減半；嚴重污染測站數亦由30站次大幅降至7站次，整體水質持續朝改善趨勢發展，穩健邁向「全國主要河川無嚴重污染河段」之目標。