「礫間接觸」來自19世紀德國科學家穆勒，他曾將污水引入埋滿煤渣、石頭的坑中，讓微生物在煤渣與石頭的表面附著生長，以分解污水中的污染物；後來科學家將煤渣與石頭改成比較大的顆粒，讓水流通得比較快，用來處理大量的污染，稱為「礫間接觸」。
一開始礫間處理的作法是引水進入礫石間停滯數小時後再排出，並讓水流通6日、第7日則把水排空，讓氧氣進入礫石間，稱為「間歇處理」。到了20世紀初期，為了提高處理量與效率，而直接將空氣送到礫間，免去了間歇斷水的時間。
礫間接觸在日本本來是社區或家庭污水的現地處理，後來發展成河川「在槽處理」，將礫間處理直接建置在水流緩慢的河道內，讓河水直接流過礫間處理。
礫間接觸的成本比表面流人工濕地貴，但單位時間內可處理的污水量較大，且較不會滋生蚊蟲、臭味，可以在土地面積較小、污水處理需求量較高的地方採用。