土壤滲濾的概念起源於19世紀的英國化學家利西比（Henry Letheby, 1816-1876），他觀察到當時許多農夫解決污水臭味的方法，是將污水排到填滿土壤的大坑中，並種上植物。利西比認為這是土壤能減緩污水流速，讓土壤中的微生物有機會分解污水所致，因此稱這種土坑為「污水農場」（sewage farm）。

另一位化學家富蘭克南（Edward Frankland, 1825-1899）則讓污水流快速流過砂層，只要保持砂層的空氣流通，砂層間的微生物就能分解污染物。這些運用土壤中微生物分解污染物的發現與實驗，是土壤滲濾發展的先驅。

土壤滲濾依水流滲濾的速度不同，分「慢濾」與「快濾」兩種。慢濾為普遍使用的自然處理方法，快濾處理則是較進階的污水處理，處理後的水流會成為地下水的補注。自然處理系統中的化糞池（septic tank）便是土壤快濾的應用，為了防止地下水受到污染，而發展出以填充土壤作濾床，並用水泥或不銹鋼結構的封閉槽體的地下滲濾，並在不同地區因地制宜。