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因為關渡濕地的位置，是臺北都會邊緣極重要的自然緩衝帶，許多愛護自然的人士多年來為關渡一帶成立自然保留區而奔走；後來，紅樹林自然保留區在1986年成立，自然公園則因為土地歸屬的問題，始於1996年正式成立。
流經關渡濕地的主要水源，有舊貴子坑溪、水磨坑溪、八仙灌渠尾水，降雨和基隆河感潮時由八仙六號閘流入的河水。因基隆河閘門經常性關閉，潮水無法進入濕地，加上都市化使得濕地的河水來源逐漸減少、排入河川的污染愈來愈多，造成濕地陸域化、水源劣質化，候鳥和其他動植物賴以生存的感潮濕地受到嚴重威脅。
為解決濕地面臨的問題，運用自然公園內水磨坑溪東側稻作區與濕地生態區建置人工濕地，以改善水磨坑溪水質、增加乾淨淡水漫流入濕地，以維護自然公園內的棲地和生物多樣性。
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