人工濕地處理的污水來自水磨坑溪，污水經連通管進入緩衝池沉澱後，以抽水馬達及水車送入導水明渠、輸送至氧化塘內，水車的揚水作用與氧化塘的開放水域空間都可以增加水中的溶氧；然後污水會分別送至表面流系統與地下流兩種濕地系統分別處理，其中地下流系統現仍為稻作區，利用水稻根系附著的微生物分解水中污染。經過表面流與地下流系統處理過的水體最終皆流入終沉池，排入自然公園濕地水路。經過淨化後的水可以使終沉池保有生物多樣性。
濕地平均每日約可處理2,212公噸污水，所削減的污染包括生化需氧量69.5%（相當每日約可移除12.2公斤）、氨氮90%（相當每日可移除1.4公斤）等。