水磨坑溪水體經連通管進入緩衝池後，以抽水馬達及水車提供揚程，經導水明渠輸送至氧化塘內。自氧化塘後，水體分送至表面流系統與地下流系統各別處理，最終皆流入終沉池內，排至濕地原水路內。其中表面流人工濕地系統為串連單元，地下流人工濕地系統為並聯單元。
處理單元包括緩衝池、氧化塘、表面流人工濕地(FWS)、地下流人工濕地(SFS)、與終沉池。水質處理流程如上圖所示。水磨坑溪水體經連通管進入緩衝池後，以抽水馬達及水車提高揚程，經導水管渠輸送至氧化塘內。自氧化塘後，水體以重力流方式分送至表面流系統與地下流系統各別處理，最終皆流入終沉池內，排至濕地原水路內。