場區主要處理單元包括包括截流設施、進流抽水井及生態池等。主要採FWS濕地工法設計，操作流程為以閘門重力方式截流該股污水，進入場區之進流抽水站後以抽水泵方式引入灘地，流入各濕地處理單元內，經濕地處理後之出水經放流渠道流入放流生態區，再排入二仁溪。
二仁溪大甲二行生態濕地每日處理污水331公噸，生化需氧量(BOD)平均去除率為78.7~86.5%，削減量約13.6公斤/日；懸浮固體(SS)平均去除率為89.2~90.7%，削減量約57.2公斤/日；氨氮(NH3-N)平均去除率為71.1~96.4%，削減量約4.8公斤/日。