仁溪位於臺南市與高雄市交界，因早期的工業及廢五金污染，導致水污染嚴重，應而有「台灣的黑龍江」之稱。於2001年起環保署執行拆除非法熔煉業、於重要支流三疊溪上設置多處現地處理設施，並隨著管制法規的加嚴及污水下水道系統的推動，結合政府與民間力量，使二仁溪水體逐漸恢復生命力。
而現今濕地旁的二行社區，早期製糖業盛行人口密集，目前污水下水道尚未完全接管，因此大甲及二行兩社區民生污水的污染仍持續排放。
臺南市政府受環保署補助辦理「臺南市二仁溪大甲二行生態濕地工程」，工程經費為三千餘萬，處理工法為FWS濕地工法，大甲二行生態濕地所位處二人溪下游，落坐於仁德大甲與二行里區域之二仁溪高灘地，長約 2.3 公里，最寬處達 170 公尺，面積廣闊，區內包含多樣化之區塊，主要以草生地為主，間雜有樹林、淺池、灘地等不同類型之區塊。