本淨化設施主體工程完工後於103年11月開始進行試運轉，經生物膜馴養一段時間後，試運轉半年期間的有機污染物（BOD5）平均去除率達70%，約等於每日削減有機污染物（BOD5）115 公斤；懸浮固體平均去除率達84%，約等於每日削減懸浮固體154 公斤；氨氮平均去除率高達90%，約等於每日削減氨氮69公斤，對於改善新虎尾溪水質具有顯著的成效。