本基地之水質淨化處理設施中，共分為沉澱池、氧化塘、表層下流動式人工溼地系統(SSF)等三項設施。在截流軍功社區之部分道路邊溝及雨水下水道後集水進入沉澱池中，而後利用抽水系統將汙水排入氧化塘，待靜置6天後將其所需淨化之家戶污水，流入次表面流人工濕地(SSF)進行過濾。
本計畫之設計構想係以自然淨化方式為污水淨化之處理系統，透過物理性降解及分解，使水質經過不同池槽淨化，以層層過濾方式使水質淨化，期望能將原有水質之處理淨化效率達。
為發揮處理設施之功效，有賴於完善之維護管理。自然淨化設施必須定期清理，以維護其活化機能，並提供水生動物的棲息環境。一般而言，自然淨化設施的維護操作簡單、電力耗費低、專業需求低，大致可分為平常與定期，平常只需維持水流暢通、水面清潔等。