玉水圳人工溼地主要處理單元包括制水閘門、沉砂池、陰井、活動式擋水堰、迴流管及放流池等。主要分為玉水圳入流閘門與東側大排，入流閘口、沉砂池、密植區淨化部分水質之功效，皆由開啟閘門高低落差動力方式匯流至C區入水口，並放流至既有流域。
而各單元輸送方式為經沉砂處理後之污水引入灘地內所建構的溼地中，再以栽種水生植物的方式緩慢流入水域生態系，利用沉降、過濾、吸附等機制，及水生植物根系與溼地水底所滋生之生物膜，達到去除水中有機物與營養源之功效。
玉水圳人工溼地水質淨化工程，設計處理污水6,000 CMD，針對玉水圳及環保公園東側大排污水，A區：TP削減率91.37%、BOD削減率67.50%、及氨氮削減率58.06%。C區：TP削減率3.84%、BOD削減率16%及氨氮削減率74.54%。