前端以水閘門控制流量後導入沉砂池進行SS沉降，以重力流進入表面流動式濕地系統（FWS）進行水質淨化，為提升溶氧於第三單元設置開放水面區，以利提高水中溶氧，後端設置具有水深變化之景觀生態池，最後再以SSF(表面下流動濕地)進行最後之水質淨化，以減低放流水中BOD及SS回朔之現象發生(濾除生態池中藻類繁殖帶來的BOD及SS)。
圳寮人工濕地二期水質淨化示範工程，每日最大處理水量5000CMD，其BOD進流濃度為20.7mg/L，處理後之BOD濃度為8.6mg/L去除率58%、SS進流濃度為95.0mg/L，處理後之SS濃度為16.4mg/L去除率82%、總氮進流濃度為22.6mg/L，處理後之總氮濃度為14.8mg/L去除率34%。