萬年溪流經屏東市中心地帶，為屏東市區內最具有提升生活品質之發展潛力的溪流，惟沿岸生活污水、畜牧廢水等污染源排入崇蘭舊圳，以致水質惡化，為減輕河川污染，屏東縣政府環境保護局於萬年溪上游設置圳寮人工濕地二期，利用生態工法水質自然淨化系統處理方式進行水中污染物去除、淨化，以降低河川的污染負荷，以落實環境保育之目的，營造出具有污染自淨、景觀休憩、生態復育和教育宣導能力的生態工法場址，淨化後水質將陸續引入屏東市萬年溪，活化萬年溪並提供一定之基流量。
屏東縣政府於106年啟動整治計畫，總工程經費約2,228萬元，於崇蘭舊圳旁設置「圳寮人工濕地二期水質淨化工程」，目標處理水量為5,000 CMD，並於106年12月完工，透過自然淨化達到水質淨化之成效。