場區主要處理單元包括沉沙池、進流抽水井、漫地流槽及放流溝等。主要由沉砂池初步去除部分SS，並經漫地流槽土壤及牧草自然水質淨化機制，削減污水中之污染物，以達淨化水質之功效。污水經截流後，經動力方式泵送至漫地流槽，主要以去除氨氮為主要目標，處理後之放流水體最終放流至東港溪主流。
龍頸溪漫地流水質淨化場，設計處理污水3,500 CMD，主要目標削減物為氨氮，其設計進流濃度為6 mg/L。經質量平衡計算，預計出流水量3,435 CMD、氨氮濃度為2.5 mg/L，無污泥產生。本水淨場整體設計處理效率氨氮削減率約為60%、削減量約為8.5 kg/day。