為改善東港溪水體水質，增加水資源利用率，本計畫特利用潮州大橋至萬巒大橋間之高灘地設置水質現地處理設施，經篩選優先以龍頸溪排水分洪道為主要目標水體，其主要係考量龍頸溪排水上游畜牧業重區之畜牧廢水對目標水體氨氮造成嚴重污染。
108年推動本計畫，於龍頸溪排水分洪道與東港溪交匯處旁之高灘地設置「龍頸溪漫地流水質淨化場」，目標處理水量為3,500 CMD，並於109年完工；採用漫地流工法並結合牧草資源，透過自然機制達到水質淨化之成效。
龍頸溪排水水質淨化工程設計每日最大污水處理量3,500公噸，生化需氧量平均去除率為43.8%，削減量約13公斤/日；懸浮固體平均去除率為58.3%，削減量約50公斤/日；氨氮平均去除率為58.3%，削減量約8.5公斤/日。
調查時有穩定且常見鳥類族群，如白頭翁、綠繡眼及麻雀等。經調查共發現74科164屬192種維管束植物，植物型態以草本植物最為優勢，共116種；哺乳類共發現17科25種，除平地常見鳥種外，亦發現水鳥，如翠鳥及紅冠水雞等，無發現較為敏感之物種；兩棲爬蟲類則發現6科8種，除平地較常見物種外，無發現較為敏感之物種。
處理單元包括截流設施、沉砂抽水井、漫地流槽及放流溝等。主要以現地處理技術漫地流工法技術並結合台畜草狼尾草7號，藉由土壤表面之物理、化學及生物作用，及牧草對氨氮之吸附作用，進而削減污水中之污染物質，同時可維持灘地之綠化，達水質淨化之目的。
龍頸溪排水分洪道 → 沉沙池 → 進流抽水井 → 漫地流槽 → 放流溝 → 東港溪
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