阿公店水庫MSL水質淨化示範工程，於規劃及設計階段、施工中階段，完成場址周遭生態調查，由於水庫周遭大部分為果園，並有竹林及部分人工建築，調查範圍內並未發現原始天然植被，整體自然度偏低；植物物種調查方面發現82科204屬236種，以草本植物為主；陸域動物哺乳類共紀錄到5科9種112隻次，包括臭鼬、小黃腹鼠、赤腹松鼠等，並於鳥類紀錄發現26科41種738隻次，其中常見大白鷺、蒼鷺、紅冠水雞、白尾八哥、大冠鷲等，並以魚鷹較不普遍。