場區主要處理單元包括截流設施、沉砂池、礫石帶沉澱區、MSL槽體及放流池等。主要由沉砂池、礫石帶沉澱區去除部分SS，並經MSL土包中鐵粒、稻穀、砂土及碳粉，其中鐵粒經化學反應後可削減總磷濃度，以達淨化水質之功效。污水經截流後，經動力方式幫送至沉澱池，主要以去除無機性懸浮固體物；並經後端MSL工法處理後，放流至既有流域。
阿公店水庫MSL水質淨化示範工程，設計處理污水300 CMD，針對晴天民生污水，生化需氧量(BOD)平均去除率為32.0%、懸浮固體(SS)平均去除率為64.0%、氨氮(NH3-N)平均去除率為50.0%，總磷(TP)均去除率為64.0%；針對雨天暴雨初期逕流，生化需氧量(BOD)平均去除率為70.0%、懸浮固體(SS)平均去除率為94.0%、氨氮(NH3-N)平均去除率為75.0%，總磷(TP)均去除率為82.0%