引水抽水井內配置15馬力抽水泵，引流後第一處理單元為沉澱區，用以沉降懸浮顆粒；接續之表面流人工濕地（FWS）共分三段，水深約0.6~1.2公尺，濕地內種植各種形式之水生植物，最末端處理單元為放流生態區，最後以重力排放回荷苞嶼大排。
設計採柔和化之處理設備，避免外觀過於僵硬，並配合適當植生之選用，使附近居民願意接近利用。木棧道與植草磚構築成人行步道，木棧道跨越濕地內各處處理單元，植草磚步道則供參觀者沿濕地邊行走及觀賞，同時配合選用嘉義縣縣樹及縣花(台灣欒樹、玉蘭花)及多種景觀植物配合人工濕地之挺水性、浮水性及沉水性植物交叉種植，使其具觀賞及經濟價值，並可達到休閒教育及生態保育之功能。
荷苞嶼大排 → 抽水泵 → 沉澱區 → 園區一期表面流濕地(第一段、第二段、第三段) → 放流生態區（二期） → 重力排放回荷苞嶼大排。
本場址可採用串、並聯擇一之方式進行水質淨化，串聯方式為將原有荷苞嶼生態園區一期之放流生態區與二期進流區埋設聯通管，將一期放流水導入二期；並聯方式為由抽水站埋設管線將河水導入二期之進流區內。在人工濕地深度約0.4~0.6m之淨水池中種植各種型式之水生植物，包括挺水性、沉水性及浮水性植物，利用附著植物根系的微生物分解水中污染物，且藉由水生植物之光合作用提供水中溶氧，以利進行好氧分解，達到污染物降解及水質淨化之目的。最後經由放流渠排放至荷苞嶼大排。