荷苞嶼人工濕地引取荷苞嶼大排的污水進行自然淨化，引水抽水井內配置15馬力抽水泵，引流後先經過沉澱區，以沉降懸浮顆粒；接續之表面流人工濕地共有3段，第一段種植香蒲、第二段為開放水域、第三段種植大萍，最末端為放流生態區，最後以重力排放回荷苞嶼大排。
102年荷苞嶼人工濕地每日處理污水2,819公噸，生化需氧量(BOD)平均去除率為41.3%，削減量約37.7公斤/日；氨氮(NH3-N)平均去除率為53.4%，削減量約14.5公斤/日。