環境部為加速整治河川流域改善水體水質，選定淡水河、南崁溪、老街溪、濁水溪、新虎尾溪、北港溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪、阿公店溪及愛河等11條重點河川污染整治工作（分布如圖1），以下為各重點河川整治成果：
為改善淡水河污染問題，各級政府積極投入相關整治工作，由民國60年代初期的「臺北區衛生下水道綱要計畫」、77年「淡水河系污染整治計畫先期工程」至87年「淡水河系污染整治後續實施方案」，現正執行「淡水河系污染整治後續實施方案」113年至116年執行計畫，將整治行動聚焦至各縣市重點改善河段內，並定期召開淡水河系水環境優化願景聯繫會報委員大會及工作小組會議，追蹤協調各項管制措施及工作進度，包括流域水質分析、污水下水道建設進度、截流站及水質淨化設施操作現況。
截至113年底，淡水河流域總計接管戶數已超過200萬戶，流域內共設置37座截流站及30處水質淨化設施，並持續興建分散式水資中心（如臺北市民生水資源再生中心及桃園市埔頂水資源回收中心），加強生活污水處理量能。淡水河全流域RPI已從91年4.4（中度污染）下降至113年底2.2（輕度污染），水質改善成效顯著。
為改善南崁溪水質，歷年來推動多項改善設施，包括南崁溪氨氮削減設施、南崁溪上游水質淨化工程(山尾礫間)、大檜溪橋水質淨化工程（朝陽礫間）、水汴頭水質淨化工程及113年補助東門溪水質淨化處理（興建中），並召開南崁溪整治聯繫會議，追蹤桃園污水下水道系統推動進度；推動南崁溪重金屬銅總量管制方式、配合稽查管制重金屬異常河段，使南崁溪水質銅濃度逐漸降低；加強河道施工管理及採行適當防護措施等工作，使南崁溪維持水質穩定並逐漸改善，南崁溪之嚴重污染長度比率已從91年之61.2％降至113年之10.7%，改善成效顯著。
為改善老街溪水質，歷年來推動多項改善設施，包括龍潭大池水質改善及水體環境營造計畫、四方林排水水質淨化工程、新勢公園礫間自然水質淨化工程等水質淨化工程，並召開聯繫會議追蹤協調河川水質、滾動檢討整治目標、污水下水道推動建設進度，使老街溪水質已穩定改善，老街溪之嚴重污染長度比率已從91年之33.3％降至113年之0%，改善成效顯著。
召開污染整治工作協調會議，追蹤污水下水道建設進度、中下游水質改善措施辦理進度、南投縣砂石場管制工作、畜牧業稽查管制與輔導工作、畜牧業推動辦理「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」執行情形。濁水溪嚴重污染長度比率自96年至113年均為0％，水質穩定。
定期召開污染整治督導及協調會，推動加強稽查管制、污水系統接管及畜牧業資源化辦理。108年完成新虎尾溪崙背排水水質淨化工程三期工程，109年完成莿桐礫間淨化工程，以及虎高污水處理廠設備提升，持續運轉操作新虎尾溪溪水質淨化設施。新虎尾溪嚴重污染長度比率於113年為22.6％。
定期召開污染整治督導及協調會，推動加強稽查管制、污水系統接管及畜牧業資源化辦理。持續運轉操作北港溪水質淨化設施，於112年度完成雲林溪下游段污水截流工程，強化生活污水改善並美化周邊水環境。嚴重污染長度比率已從100年之47.3％下降至113年的22.7%。
定期召開急水溪污染整治聯繫會議，推動污水系統接管及畜牧業資源化辦理。113年臺南市八翁里畜牧糞尿資源化處理中心正式啟用，採用全國首創乾式及濕式厭氧消化法處理畜牧廢水，並完成全流域畜牧糞尿沼液沼渣回歸農地肥分使用推動規劃。急水溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從100年之29.4％降至113年之14.6%。
定期召開鹽水溪污染整治聯繫會議，推動污水系統接管及畜牧業資源化辦理。107年完成虎頭溪排水水質淨化設施，108年完成安順排水、永康大排、永康滯洪池等現地處理設施功能提升改善，持續運轉操作鹽水溪水質淨化設施，推動區域工業區集中處理場規劃。鹽水溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從100年之29.9%降至113年之17.9%。
定期召開二仁溪污染整治小組及再生願景會議，推動污水系統接管及畜牧業資源化辦理情形、工業區推動廢水聯合處理規劃。112年高雄市內門區沼氣中心正式完工啟用，113年臺南市虎尾寮水資源回收中心擴建工程完工，設施每日處理量能提升至2.7萬噸，且補注河川1萬噸乾淨水源。二仁溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從96年35.3％降至113年之22.6％。
定期召開阿公店溪整治聯繫會議，推動污水系統接管、產業園區污染削減成效及畜牧業資源化辦理等，109年及112年完成產業園區生物處理及氨氮處理設施提升，推動畜牧業資源化辦理等。阿公店溪藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從100年之35％降至113年之18.8%。
定期召開愛河整治聯繫會議，推動愛河污水系統接管及中上游水質改善工作。持續運轉操作愛河水質淨化設施，110年度完成愛河上游(北屋暨九番埤排水)水質淨化現地處理工程，持續改善愛河上游段水質，且持續辦理事業污染重點稽查。愛河藉由各項措施之執行，嚴重污染長度比率已從100年之47.8％降至113年之6.9%。