場址內處理單元包括沉澱池及污水截流井。主要由設置攔污柵之進水口重力進水，經沉澱池沉澱後，進入污水截流井，水位到達設定高度後，輪流啟動污水馬達抽取污水，每日將收集之污水截流導入污水下水道系統管線後，傳送至客雅水資源回收中心污水處理廠處理，使污水不致排入河川而造成污染，藉此可有效地阻止污染物進入河川水體，降低河川污染負荷。
新竹市北區客雅溪污水截流站設置工程，設計截流水量為7,800 CMD，收集晴天之生活污水。