南崁溪人工濕地水質淨化園區面積達2公頃，區分為A、B兩區，全區共有五個池體，引水方式係從堤防底部破堤以涵管引入河水，再透過水閘門控制入流水量，經引水道流入A區，並於引水道末端設有一座三角量水堰。A區共有兩池，分為第一道FWS池及第二道FWS池；A、B區間透過一虹吸工系統連接 ; B區共有三座水池，第一池為沉砂池，透過連接水道流入第二池。第二池為第三道FWS池，透過引水連接道流入第三池。第三池為景觀生態放流池，於放流口設有一座三角量水堰。