廠區主要處理單元包括前處理截流設施、沉沙池及揚水井、進水井、礫間接觸曝氣氧化槽、出流井。主要由沉砂池、礫石曝氣區去除部分SS、氨氮，以達淨化水質之功效。污水經截流後，經動力方式幫送至礫間接觸曝氣氧化槽，主要以去除有機物之懸浮固體，放流至既有流域。
東門溪截流旁設置礫間接觸曝氣氧化法，設計處理污水10000CMD，針對生化需氧量(BOD)平均去除率為75%、懸浮固體(SS)平均去除率為75%、氨氮(NH3-N)平均去除率為75%。