場區主要處理單元包括取水設施、粗攔污柵與沉砂池、進流水槽、礫間接觸氧化槽及出流水槽與污泥儲存槽等。藉由取水口及重力管取水，使污水流入前處理及進流設施，取水口設有擋板與格柵，用以防止漂浮物與大型固體物流入取水管，進入礫間淨化槽則藉由曝氣部與非曝氣部兩者之搭配，由曝氣部負責污染物之生物氧化分解，而非曝氣部負責懸浮固體及生物污泥之接觸沉澱，共同維持良好之水質淨化效果。經淨化水經出流整流渠道流出至出流水槽，並以放流管線重力放流至員樹林排水渠道。
「員樹林排水水質淨化工程」每日處理污水5,831公噸，生化需氧量(BOD)平均去除率為86%，削減量約270.87公斤/日；懸浮固體(SS)平均去除率為92%，削減量約1,397.03公斤/日；氨氮(NH3-N)平均去除率為80%，削減量約20.05公斤/日。