場區主要處理單元包括進流抽水井、沉砂池、沉澱池、接觸曝氣槽、二沉池及放流水等。主要採接觸曝氣法使生物膜附著於濾料表面，利用此生物膜處理廢水中之有機物質以達淨化水質之功效。污水經截流後，經粗攔污柵篩除大型雜物，流入進流抽水站，以動力方式泵送至沉沙池，主要以去除無機性懸浮固體物；並經後端生物處理之處理水再經二沉池處理後進入放流井予以放流。
北港溪流域(埤仔頭排水)溪口鄉柳溝大排污水截流現地處理工程目前尚於成效評估階段，每日處理污水3,655公噸，生化需氧量(BOD)平均去除率為21.0%，削減量約35.5公斤/日；懸浮固體(SS)平均去除率為32.2%，削減量約81.5公斤/日。