處理單元包括截流設施、集流抽水井、密植濕地、開放性水域、放流水池等。主要採人工濕地，經由濕地的生物性統與水生植物的自然演替，使流入的有機質與營養源被利用、吸收、儲存、轉化，微生物降解及物理化學作用達到去除污染物質，處理後進入放流池予以放流，補注東港溪潔淨水達到水質改善效益。
民治溪濕地每日處理污水6,497公噸，生化需氧量平均去除率為69.2%，削減量約107.6公斤/日；懸浮固體平均去除率為92.4%，削減量約1,288公斤/日；氨氮平均去除率為90.5%，削減量約22.8公斤/日。