工程總覽：
二仁溪主要支流有涵口圳、三爺溪、港尾溝溪、營前排水、崗山溪、深坑仔溪（其支排有五甲排水、龜洞溪）、松仔腳溪、牛稠埔溪及牛寮溪...等約10條，長期以來因事業廢水、畜牧廢水、家庭污水以及非點源污染廢（污）水未經妥善處理即排入溪內，造成河川水質嚴重惡化，尤以中下游之三爺溪污染最為顯著。為改善三爺溪污染情況，行政院環保署於95年補助原臺南縣政府辦理「三爺溪水質改善工程規劃設計案」計畫，完成流域污染調查及三爺溪水質淨化場場址規劃作業，並於103年10月完成設置萬代橋生態礫間水質淨化場，截取晴天污水進行處理，改善三爺溪水質，減少對二仁溪之污染貢獻，以淨化後水體結合滯洪池，進行水域環境之營造，並提升附近社區民眾生活環境品質。
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