生態效益：
本計畫於設計階段完成共2次生態調查工作，本計畫於港北溝取水，相關設施對現有生態所造成的影響應屬有限。唯需注意取水量於低潮位時應避免使港北溝乾涸見底或斷流，進而造成魚群受困等問題。港南運河最北側兩岸有防風林處，水域的部分為大量巴拉草覆蓋，此處為北段生態最為豐富之處。
本計畫工程位置位於防風林的邊緣地帶，對其棲地的影響甚微，但基於對生態影響最小化的原則下，本區樹林部分應盡量維持原貌，並減少人為干擾為宜。水域的巴拉草可適度清除，但清除後仍需維持本區的草澤環境，以提供紅冠水雞與潛在的彩鷸等鳥類棲息空間。
港南運河中段部分無水區域，植被主要由番仔藤、舖地黍、南美蟛蜞菊及小花蔓澤蘭等組成，再往南段有水區段，由於環境自然度較高，兩岸植被亦較豐富，加上接近大量水鳥棲息的金城湖，因此鳥類生態亦較為豐富。包括蒼鷺、小白鷺、小水鴨、紅冠水雞、翠鳥在調查時皆有發現。而本段距離現地處理設施至少有1公里以上。相關設施工程對該區應無影響。
本案現地處理設施預定地位於「港南海濱風景區」的北側。目前為短草地環境，生態上並無特別需要關注之處。然而，由於港南海濱風景區一帶的堤岸均已水泥化。因此建議在完成現地處理設施後的景觀設計上，加入可以提供翠鳥築巢使用的土坡，或相關專為翠鳥設計的人工巢箱(翠鳥壁)，同時在運河內設置突出水面的竹竿等設施，以翠鳥停棲使用。來增加此區的生態豐富度，並合乎「生態遊憩」的規劃目標。生態調查照片詳如圖。
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