場區主要處理單元包括截流渠道、沉砂池、初沉池、接觸曝氣池、二沉池等。懸浮固體部分主要經由沉砂池、初沉池及二沉池依序沉降去除不同粒徑大小之懸浮固體；氨氮及BOD部分主要經由接觸曝氣池進行去除，繩狀接觸濾材有較大的比表面積、空隙率提供微生物附著生長形成生物膜，使污水中的有機物被氧化分解進而達到水質淨化的目地。
屏東縣內埔鄉龍頸溪水質淨化場興建工程，總設計容量為10,000 CMD，設計進流水質BOD5＝24 mg/L、SS＝59 mg/L、NH3-N＝20 mg/L，處理後水質去除率BOD5為 75%、SS為80%、NH3-N為80%。以日處理量10,000 CMD進行評估污染削減效益削減量為BOD約200.20 kg/d、SS約517.01 kg/d，NH3-N約為172.79 kg/d。