場區主要處理單元包括截流設施、沉砂池、砂濾系統、一、二期礫間處理系統、污泥儲存槽及生態池等。從截流設施導引待處理污水流經砂濾系統及填充礫石的處理槽，使污水與礫石表面的生物膜接觸反應，達到水質淨化目的。礫間接觸氧化槽中，由於礫石間存在許多大小不同的孔隙，當污水流經這些孔隙時，水流因受礫石阻擋而致流速減緩，水中的懸浮物質會與礫石接觸並在很短的孔隙距離內沉降；此外，礫石粗糙的表面，可供許多微生物附著生長，其具粘性的生物膜則主要負責吸著懸浮物質，其整體機制為水中溶解性的有機物在流經礫石表面的生物膜時，被微生物利用而達到降解的效果，使水質獲得淨化。
員樹林排水約7,000CMD，生化需氧量取160.0mg/L，懸浮固體取160.0mg/L，氨氮取6.50mg/L作為設計進流水質。因進流水質特性為生化需氧量濃度偏高，本案增設水質預處理設施，將入流水處理後平配分水予一、二期設施，礫間設施之水質去除率以BOD約75%、SS約75%、NH3-N約65%為設計目標。全系統預期污染物削減量BOD約為972kg/day、SS約為972kg/day、NH3-N約為34kg/day。