場區主要處理單元包括截流設施、沉砂池、礫石帶沉澱區、污泥儲存槽及放流池等。主要由沉砂池沉澱區去除部分懸浮固體，並經礫間接觸氧化槽中，礫石大小不同的孔隙，多微生物附著生長，其整體機制為水中溶解性的有機物在流經礫石表面的生物膜時，被微生物利用而達到降解的效果，使水質獲得淨化，並放流至既有流域。
瓦磘溝水質改善工程，總設計容量為3,000 CMD，設計之進流水質BOD為30mg/L、SS為40mg/L、NH3-N為7mg/L，各項污染濃度之去除率設定為70%，污染削減效益BOD約63kg/d、SS約84kg/d，NH3-N約為14.7kg/d。