清水濕地上方雨水下水道已完成建置，惟清水區域近年來發展迅速，人口及新建築均有大幅增加，致使生活污水排入雨水下水道並直接溢流入清水濕地，不但有臭味問題，也對清水濕地生態造成影響。清水濕地雨污水處理規劃利用清水濕地入口平台下方或濕地公園建立地下化處理設施60 CMD，透過合併式淨化槽或呈層過濾(MSL)系統，將污水處理至可排放之水質標準，再注入清水濕地作為補水使用。