場區主要處理單元包括截流取水設施、攔污沉砂除油池、曝氣池、終沉池及放流水池等。主要採接觸曝氣法使生物膜附著於濾料表面，利用此生物膜處理廢水中之有機物質以達淨化水質之功效。污水經截流後，經攔污籠篩除大型雜物，流入沉砂池初步沉降水體砂礫，再重力流方式流至曝氣池，經後端生物處理之處理水再經終沉池處理後進入放流水池再導回原排水溝渠。
琉球鄉中福村聚落污水處理設施平日處理污水620公噸，生化需氧量平均去除率為90.0%，削減量約335公斤/日；懸浮固體平均去除率為90%，削減量約1396公斤/日；氨氮平均去除率為80%，削減量約50公斤/日。上福村聚落污水處理設施平日處理污水440公噸，生化需氧量平均去除率為90.0%，削減量約238公斤/日；懸浮固體平均去除率為90%，削減量約991公斤/日；氨氮平均去除率為80%，削減量約35公斤/日。