行政院環保署於南崁溪流域設有9處水質監測站，主流6處測站由上游至下游分別為大埔橋、舊路大橋、龜山橋、大檜溪橋、南崁溪橋及竹圍大橋，支流茄苳溪3處測站由上游至下游分別為宏太橋、星見橋及茄苳溪橋。大埔橋測站為南崁溪上游第一個測站，受到上游基流量不足及周邊廢水排入之影響，其RPI值呈現中度污染程度；而本計畫山尾及菜公堂排水為大埔橋上游之支流排水，依據歷年相關計畫之水質水量調查結果，其污染濃度相當高；故為改善南崁溪上游河段水質，確實有必要規劃適宜之水質改善措施。
桃園市政府於107年啟動整治計畫，總工程經費約6,403萬元，其中獲得行政院環保署4,482萬元，於機19滯洪池旁側設置「南崁溪上游水質改善工程」，目標處理水量為1500 CMD，並於108年主體完工；採用礫間接觸曝氣氧化法水質淨化系統，達到淨化之成效。