湳仔溝礫間淨化系統之設計處理量為10,000CMD，處理流程為前處理及進流系統，接著由進流渠道進入礫間接觸曝氣氧化設施，最後由放流渠道放流至湳仔溝上游。
湳仔溝礫間淨化系統水質處理能力評估如下：平均生化需氧量由23.9 mg/L削減至ND，去除效率99.9%；平均懸浮固體由43.2 mg/L削減至2.6mg/L，去除效率94.0%；平均氨氮由8.3 mg/L削減至0.1mg/L，去除效率98.8%。根據湳仔溝礫間淨化系統出流口水質檢測成果，放流水之DO皆大於4.5 mg/l，BOD皆小於4 mg/l，SS皆小於40mg/l，NH3-N僅有部分數據超過0.3 mg/l。